馬利軍政府自 8 月 18 日起掌控政權，原總統凱塔（Ibrahim Boubacar Keita）在被軍方逮捕後宣佈辭職，之後在國際勢力介入折衝後，已退役軍事將領恩多（Bah Ndaw）被推舉為過渡政府的總統，自 9 月 25 日起上式上任，預計在最長不超過 18 個月的時間內舉行全國性大選，隨後再將政權移交給文人政府。此外，軍政府的實際領導人戈伊塔（Assimi Goita）上校，也出面擔任過渡政府的副總統一職。
從政變後一直到過渡政府的成立，實際掌權的馬利軍方都表示會遵守原有的國際承諾，原政府所簽訂的國際協議也一樣有效，亦即與聯合國、法國聯手打擊沙赫爾地區（Sahel）恐怖份子及組織型犯罪的動作不會中斷；不過，由 15 個國家所組成的西非國家經濟共同體（ECOWAS）仍舊表示，自政變後就對馬利實施制裁，必須等到民選的首相順利產生之後，才會撤除。
根據報導，西非國家經濟共同體要求軍政府必須釋放所有被拘禁的人士，包括 3 月份被武裝挾持的前總理西塞（Soumaïla Cissé）在內。截至目前為止，前總統凱塔已經獲釋，但是西塞及部分前政府官員仍遭到監禁。
相較於周邊鄰國對於這場政變的譴責，馬利人民反倒對於能夠不流血推翻原政府感到欣慰。馬利人民早就對政府長年無力解決各地區擁兵自重的現象感到不耐，更何況長年執政的凱塔對政府貪污與經濟疲軟的問題又顯得束手無策，因此群眾抗議活動早在政變之前就持續了好幾星期。
為了防止難民四處流竄，周邊鄰國雖然都對馬利祭出封鎖邊界、禁止商業往來的措施，但是油、電及基本民生物資，乃至於防治武漢肺炎的醫療用品，則並未列入管制項目之中。
新聞來源：
2020/09/25 France24 Mali swears in interim president Bah Ndaw to lead transitional government
2020/09/25 France24 Mali’s designated interim president makes first public appearance
2020/09/18 Atalayar Military claim to have kidnapped Mali’s president and prime minister