受武漢肺炎疫情持續擴大影響，日本內閣會議 3 月 6 日決定自 9 日凌晨起，強化邊境防疫管控措施，對於確診案例數較多的中國與韓國，暫停已經簽發的入境簽證效力，並取消韓國、香港與澳門等 3 個月的免簽證入境優惠措施，目前已經入境日本者，一旦出境該簽證即刻失效，同時要求自中國（包括香港和澳門）與韓國入境者，入境後進行 2 週的自主居家隔離。
預估分別有 280 萬的中國與 1.7 萬名以上的韓國旅客簽證會因此而受到影響。由於日本政府將嚴格審查簽證的申請與發放，因此現實上就是對中國與韓國採取入境限制措施。相關簽證管制措施將暫時實施至 3 月月底，屆時外務省再視情況需要檢討予以延長。
韓國外交部長康京和於日本政府正式對外宣布的前一天，急召日本駐韓大使抗議要求撤回相關入境限制，否則韓國也將採取相關作為回應，日本外務大臣 6 日以「日本國內防疫需求」為由拒絕。同日，韓國外交部也對外公告，自 9 日淩晨起，暫停對日本人的 3 個月入境免簽待遇，已經簽發的簽證也失效。韓國外交部同時對日本的旅遊預警級別，提升對當地採取加強防護的第二級示警。
韓國政府也將強化自日本入境韓國者的檢疫措施，要求如實申報入境韓國時的聯絡方式，始准予入境的入境特別審查程序，並限制航班僅能飛抵首爾近郊的金浦與仁川、釜山金海以及濟州島等四個機場，以做為反制日本的相關措施。雖然韓國外交部表示，入境審查並非針對日本祭出的措施，而是日方採取的方式過於強硬，且未在實施前與韓國溝通。根據相互主義採取停止免簽入境等措施，是作為主權國家理應採取的措施，並非僅針對日本。不過，韓國目前仍未對中國採取相同的限制措施。
安倍是 5 日的晚上於首相官邸招開國家安全保障會議（NSC）討論疫情的防治，會議上指示「在各國疫情持續蔓延的情況下，現在是關鍵時刻有必要採取積極果斷的作為」，決定對疫情較為嚴峻的中國與韓國等國家強化邊境檢疫措施。在當時中國已經高達 8 萬以上的確診案例、韓國也已超出 5 千人以上。日本國內各地的確診案例也陸續增加，民眾對於安倍政府的消極防疫態度不滿聲音與日俱增，因此安倍政府態度轉變改轉積極面對疫情的防治。
值得注意的觀察點是，就在日本官方正式宣布中國國家主席習近平的訪日延期消息後的 3 個小時，日本政府突然決定強化邊境防疫的相關措施。換言之，日本政府自疫情爆發以來一直採取消極的防疫措施甚而遭批評是荒腔走板，疫情初期猶豫不決未對疫情發源地中國採取邊境管制，顧忌的便是習近平的訪日計畫。當習近平訪日行程正式延期公布後，日本就不須再看中國眼色。且日中雙方在習的訪日行程事前工作會議上，應該也同時為實施入境限制措施做出溝通，以至於中國在獲知日方公布入境限制措施後，僅淡然的表示理解。反之，才在月初呼籲中日韓三國共同合作防疫的文在寅，安倍政府似乎一點也不在意，在毫無預警下突然宣布對韓入境管制，韓國的憤怒與反彈可想而知。
參考新聞：
2020/03/06 NHK 新型コロナウイルス 中韓発給済みビザ効力停止 閣議
2020/03/06 日経新聞 韓国、日本のビザ免除を停止 入国制限で対抗措置