先前位於神奈川縣內的美國陸軍座間基地，傳出首名駐日美國陸軍及其家屬確診武漢肺炎後，同樣位於神奈川縣內的美軍橫須賀基地 3 月 28 日證實，新增該基地所屬 2 名海軍士兵確診感染武漢肺炎，該基地目前共有 3 名確診案例；同 28 日，駐沖繩美軍嘉手納基地也證實，該基地內有 2 名空軍士兵感染武漢肺炎。然而，究竟駐日美軍目前確診感染武漢肺炎的確切人數、感染途徑與接觸情形等，日本政府全然沒有辦法掌握，必須仰賴透過外交途徑才能獲得駐日美軍基地內的感染情況。
美國福斯新聞於當地時間 27 日援引美國軍方人士報導，以日本橫須賀基地為母港，目前停靠在港內的雷根號航母（USS Ronald Reagan, CVN-76）上，有 2 名士兵確診感染武漢肺炎，美軍已經全面封鎖該基地。隨後，美軍橫須賀基地出面證實，基地內所屬 2 名海軍士兵確診感染，但不清楚是否為福斯新聞所報導的案例。此外，駐日美軍 26 日也曾公布 15 日自美國本土返回該基地的軍人確診，但似乎與這 2 個新增確診案例沒有接觸，且傳播途徑仍未明確。
駐日美軍是否會成為這波日本在新型冠狀病毒防疫政策上的破口，一直備受質疑。以沖繩嘉手納空軍基地為例，28 日首先透過官方臉書公布，駐沖繩美軍首例確診染疫的消息。同日晚間駐日美軍才又透過日本外務省駐沖繩辦事處與沖繩防衛局向沖繩縣政府彙報，2 名駐沖繩的美軍士兵確診的情形。該 2 名染疫士兵是自其他國家返回沖繩基地受檢後確診，雖未具體透露其性別、年齡，但更重要的是沒有說明究竟是居住在基地內或基地外。
換言之，無論是沖繩縣府或日本中央政府都無法做疫情接觸追蹤調查。無可怠言。對於有效抑制武漢肺炎的擴散蔓延，目前看來莫過於調查感染途徑的接觸史追蹤確認。
2009 年 H1N1 新型流感疫情大流行時，沖繩縣府與駐日美軍曾經共同合作防堵疫情在當的擴散大流行。日後沖繩縣府也在此基礎下制定《新型流感對策行動計畫》，並獲得駐日美軍的承諾，讓美軍基地內的衛生相關單位與沖繩縣府合作，以掌握美軍官兵與眷屬的染病情形。基地內（駐日美軍）與基地外（當地政府）之間的充分合作對於流行性疾病的防堵至關重要。然而，「這是武漢肺炎不是新型流感，因此不在合作協議範圍內」，這樣的認知，無論美國或日本，都錯失了許多防疫先機。
依據《日美安保條約》，美國提供安全承諾，日本有義務為其提供駐軍基地，美軍依據《日美地位協定》享有許多特權，美軍無須向日本政府或基地所在當地政府透露有關基地內的一切訊息。即便日本政府宣布進入緊急狀態，駐日美軍仍超越日本憲法而存在。駐日美軍基地對日本政府而言，猶如神聖不可侵犯的「神聖領域」。對於確診感染人數已經超越中國達到萬人以上，疫情全球最為嚴重的國家：美國。即使是從美國本土入境的美軍士兵，日本政府也無權置喙。日本國內本身疫情已經幾乎演變為無從追蹤接觸史的社區傳播階段，駐日美軍有沒有可能日本無法掌握的另一種傳播途徑？！
參考新聞：
2020/03/28 日經 横須賀の空母でも感染者 米軍、基地封鎖と報道
2020/03/28 沖縄タイムス 嘉手納基地で初の感染者 空軍兵が新型コロナに 米軍発表
2020/03/28 NHK 米軍 横須賀基地で新たに２人の感染確認 新型コロナ
2020/03/29 朝日新聞 横須賀基地の米兵2人の感染確認、基地関係者計5人に
2020/03/29 琉球朝日放送 新型コロナ 嘉手納基地の空軍兵２人目の感染確認