日本在 5 月 25日解除全國性緊急事態宣言後，東京都的每日確診感染者仍持續出現增加趨勢，6 月初一度暴增到單日新增 34 人，迫使東京都政府在 6 月 2 日晚間點亮「紅色東京警報」，東京都廳大樓與橫跨東京灣的彩虹大橋打上醒目的紅色燈光，提醒民眾注意個人防護意識，預防感染。6 月19 日解除全國都道府縣間的旅行限制，同時全面解除停業要求，所有行業恢復營運後，以東京為中心的確診人數仍不斷增加。
自解除緊急事態宣言後的一個多月內，東京新增確診超過 850 人佔全日本新增確診數一半以上。7 月 2 日，據東京都政府官員透露當天有超過百例以上的新增確診案例，突破解除全國性緊急事態宣言以來單日最多新增確診數。日本的疫情似乎正以東京為中心顯現復燃的跡象。
東京都政府 7 月 1 日表示，已連續 6 天單日新增確診人數超過 50 人，最近 7 天每日平均確診感染者約 56.9 人，且呈現繼續增加的趨勢。依相關數據顯示，首都圈新增確診案例，幾乎都與有陪侍服務的餐飲業或聲色場所有關，甚至有在聲色場所發生群聚感染，再傳染給住家周遭的社區感染疑似案例。
為防止疫情捲土重來，東京都原先獨自訂定發布東京警報的多項標準（單日確診案例不高於 20 例、無法掌握感染途徑案例比例高於 50%、每周新增病例較上周倍數成長、重症患者數、住院患者人數、PCR 檢測陽性率、就診諮詢件數），但東京都 30 日公布的新版監測指標聚焦在醫療體系量能，並取消數值達標便發佈東京警報與停業要求，而是改以每周由專家會議討論來決定是否對民眾發出警示呼籲。
日本內閣官房長官菅義偉 1 日在記者會上表示，目前疫情尚未達到立即發布「緊急事態宣言」不可的情況，但如果在採取防疫對策情況下，未來確診病例增加速度再度變快，不排除再度發布「緊急事態宣言」；此外，疫情的增溫也為日本政壇帶來些許波瀾。日本經濟再生大臣西村康稔 24 日在記者會上表示，將取消武漢肺炎對策專家會議，而改以內閣閣員組成「新型流感等對策閣僚會議」取而代之。專家會議的副召集人長尾身茂當天被記者被問及此事時表示「吃驚」，雖然事後解釋並非不知此事的驚嚇，而是對在記者會上宣布一事感到驚訝。
不過，在野陣營似乎不接受這個說法。認為由傳染病與公共衛生專家組成的專家會議，從醫學角度分析提出疫情對策，迄今共發布10 次建議，提出了包括避免三密（密閉、密集、密切接觸）減少與人接觸等防疫措施，日本前波疫情在專家會議指導下逐漸趨緩，現在面臨第二波疫情來襲，無法理解日本經濟再生大臣非出於防疫考量的發言。
參考新聞：
2020/07/02 共同 東京、新規感染者100人超か 5月2日以来の3桁
2020/07/02 NHK 東京都 新たに100人以上の感染確認 5月2日以来 新型コロナ
2020/07/01 NHK 東京都 新たに67人感染 緊急事態宣言の解除後最多 新型コロナ
2020/07/01 NHK 「最悪の場合 再び宣言発出の可能性も」菅官房長官 新型コロナ