隨著美國國務卿蓬佩奧先前發表聲明，孔子學院在美國的總部「孔子學院美國中心」（ConfuciusInstitute U.S. Center, CIUS）在美國校園推廣中國政府的國際宣傳計畫（大外宣）與惡意影響力活動（間諜工作），將其列為「外國代表機構」，需要定時向美國政府遞交財務、人員與營運等相關報告。事隔兩週後，日本政府發言人官房長官菅義偉 8 月 26 日表示，日本將密切關注孔子學院相關動向，日本與美國平時即就各種議題緊密合作，今後也將確實做好相關因應措施。
前情提要：美國正式將孔子學院列為中國使團進行監管 印度跟進瑞典最徹底
據設在中國北京的孔子學院總部網頁資料顯示，日本有早稻田、立命館等 15 家私立大學設有孔子學院主要活動是教授中文，或開設中國文化等相關講座。在日本透過大學校際間的合作方式設置孔子學院，依法無須獲得政府相關機關批准或提出申請，也不過問其資金來源、營運方式，或課程內容等相關事項。而這也即問題之所在，授課人員、教材等一切由中方合作學校所提供，日本合作校方對於人事或課程安排幾乎無置喙餘地。
孔子學院原先隸屬中國教育部國家對外漢語教學領導小組辦公室（國家漢辦），負責對外漢語教學和漢語國際推廣。近幾年來，孔子學院在國際間引發不少爭議，藉由資金提供的不對稱地位，經常向合作大學校方施壓，要求他們對中國政府認為有爭議的議題保持沉默或就言論表現內容進行審查。因此被認為是中國政府所有與營運，目的是用以擴大中國軟實力，同時為中國進行國際宣傳的工具機構，並干涉合作校園的思想與言論自由，甚至從事監視中國海外留學生的工作。
即使 2020 年 7 月教育部國家對外漢語教學領導小組辦公室改名為中外語言交流合作中心，同時通令對外不再使用「國家漢辦」名稱，且將孔子學院獨立出去改隸屬民間教育基金會。但仍無解美國政府認定其是中國政府對外分支機構的看法。美國國務卿蓬佩奧的聲明中便明白指出，孔子學院是由中國政府資助，在全球施展中國影響力的宣傳機器，其利用美國的自由與開放性，在美國進行大規模與資金龐大的宣傳與影響活動。
相較於美國從兩年多前就由聯邦調查局（FBI）局長提出，孔子學院有被用來當作中國政府從事間諜情蒐嫌疑的示警。日本政府對孔子學院幾乎是毫無防備與作為，直到最近，日本政府似乎才逐漸意識到孔子學院不過是包裹著文化糖衣的紅色滲透。官房長官菅義偉在 26 日的例行記者會上表示，我們不便隨意對美國的個別政策發表評論，但在各種議題上日本與美國經常緊密地合作，我們會密切關注相關發展趨勢。