自民黨新任總裁菅義偉 9 月 16 日在參、眾兩院國會議員投票下，正式成為日本第 99 任首相。傍晚，在皇居由德仁天皇完成對新任內閣總理大臣的親任式與內閣閣員的認證式後，菅內閣正式啟動上路，隨後由菅首相舉行記者會對外說明施政方針。記者會上，菅首相宣示要打破省廳本位主義、既得利益與過去的惡習，營造為民工作的內閣，盡速取得成果回應國民期待，並重申將繼續前任安倍政府的日本經濟再生、外交安保與社會保障路線，現階段將先全力投入疫情對策和經濟重生政策。
前首相安倍晉三於 8 月 28日，因宿疾復發擔心無法應付政務遂宣布請辭首相職務，執政自民黨 14 日重新選出菅義偉擔任總裁。16 日上午，由安倍首相舉行臨時內閣會議，宣布內閣總辭下台，同時也結束他長達 7 年 8 個月（2822 天）的第二次執政。會後接受媒體採訪表示，感謝每位國民的理解和支持，卸下首相一職後，將繼續以眾議員身分支持新任首相。菅義偉隨即接受國會記名投票，當選新任內閣總理，繼續本屆眾議院剩下的任期至 2021 年 9月。
菅政府的新內閣名單已大致底定，由與安倍前首相關係密切，安倍第二次政權成立初期就任官房副長官從旁輔佐菅義偉的現任厚生勞動大臣家藤勝信接任首相左右手、內閣官房長官之位。由於菅義偉在 14 日的自民黨總裁選舉勝選後，即明白表示將會延續安倍政府政策，因此菅政府內閣副總理兼財務大臣麻生太郎、外務大臣茂木敏充、經濟財政兼再生大臣西村康稔等人留任，其餘內閣成員也幾乎是安倍前內閣轉任或再任，充分顯現菅內閣重視政務熟識度、政權安全營運的考量。
而菅義偉上任時強調要做法規改革，打破本位主義、既得利益以及過去的惡例，因此任命前防衛大臣河野太郎擔任行政改革大臣，盼借重他的行動力。而在新內閣上任依慣例輪流舉行記者會，輪到行政改革大臣河野太郎登場時，已是凌晨 1 點，他就直指這種記者會方式就是前例主義，「這種東西應趕緊取消」。另外，菅義偉也請河野研議設立打破行政機關本位主義 110 專線，隔天河野就在個人網站開設陳請專區。目前專區因處理來信暫時關閉。
現時，日本面臨疫情艱難時刻，與隨之引發而來的嚴重經濟衰退，恰逢內閣更迭，菅義偉內閣未上任前，便宣示政權營運會以延續安倍政府的經濟再生、外交安保政策為主，不難看出這位非屬黨內任何派系的政壇老將能夠出線的原因。安倍晉三與黨內最大派系之所以會選擇支持菅義偉，其實就是因為只有他最有可能保持安倍政策的延續性，雖然務實能力備受肯定，但欠缺群眾魅力與活力，明年改選是否仍由他帶領自民黨捍衛政權，不無疑問。有當地學者辛辣直言，菅義偉在政治上缺乏遠見。
上世紀，日本歷經泡沫經濟後，缺乏有遠見與魄力的政治領袖帶領，首相頻繁更迭也讓經濟政策與外交安全政策，增添不確定性。直到，小泉純一郎上任後，大刀闊斧推動組織結構改造，加上其不同於過往政治人物形象，在日本國民間積累不小的人望。2006 年以後，日本政壇再度陷入無限輪迴，直到 2012 年安倍晉三第二次組閣執政。安倍第二次長期執政期間，安倍經濟學與外交安保戰略，雖然評價褒貶不一，但大膽的金融政策、靈活的財政政策與刺激民間投資的戰略，確實讓日本經濟重新看到活力，而這全部賴於自民黨內長期維持「小泉一強」或「安倍一強」的態勢。欠缺個人派系奧援的菅義偉，能否有小泉前首相的群眾魅力、或安倍前首相的政治遠見，左右著菅義偉政府這接下來不到一年的執政任期。
參考新聞：
2020/09/17 日經 菅首相「国民の期待に応える」 新内閣が本格始動
2020/09/17 共同 菅義偉内閣が本格始動 首相「国民の期待に応える」
2020/09/16 NHK 菅首相 安倍政権継承 コロナ対策と経済の再生に全力 初会見で