代表日本學術研究最高殿堂，從學術界獨立的立場向政府提出建言的「日本學術會議」，此次由日本學術會議提供給首相任命的推薦新會員候選名單，菅首相打破以往慣例，拒絕任命部分推薦名單，在政界、學界和輿論引發軒然大波。未獲任命者的共通立場是，曾經就安倍政權時期強力推動的安保相關法制修改，在國會公聽會或媒體上提出反政府政策立場的意見。國會在野黨已經計畫聯合在臨時國會上推動不信任倒閣案。面對各界抗議聲浪不斷來襲，首相本人也緊急舉行記者會出面說明，人事任命案與學術自由完全無關，同時也否認與該未獲任命學者過去對政府政策的態度有關。
這次被拒絕任命的學者分別是京都大學教授芦名定道（基督教學）、東京大學教授加藤陽子（歷史學）、東京大學教授宇野重規（政治學）、早稻田大學教授岡田正則（行政法學）、東京慈惠會醫科大學教授小沢隆一（憲法學），以及立命館大學教授松宮孝明（刑法學）。小沢教授與松宮教授兩人分別在 2015 年與 2017 年的國會公聽會上，明確表達安保關連法制違憲或反對政府意見立場，其他幾位學者也都是曾經在媒體上公開批評安保法制、集體自衛權解禁或特定秘密保護法等類似反政府政策的見解。
日本學術會議
日本學術會議是 1949 年設置直屬內閣府的獨立國家機關，代表日本學術研究最高榮譽機構，並希望從獨立於政府以外的立場，將學術意見反映給政府。學術會議會員 210 人，任期 6 年，每 3 年改選半數 105 人。會員產生方式由日本學術會議提供推薦人選給首相，首相再根據這份名單任命。日本學術會議作為國家機關之一，接受政府預算，但本質上完全獨立運作。1983 年時任首相的中曾根康弘曾經在國會答覆質詢時表示，政府能做的僅是形式上的任命，學問自由與獨立性都要獲得最大保障。也就是在戰後新憲法保障學問自由的基礎下，基於反省二次大戰期間許多學者或科學研究者以己身所學幫助當時政府發動戰爭或侵害人民，而被認為是戰爭幫兇的過往經驗，日本學術會議曾經多次發表「科學研究不能有軍事目的」聲明或反對防衛省介入大學學術研究等。
不可否認，目前日本學術會議會員的組成方式是有問題的，學術會議本身自行遴選的推薦名單，極易形成學閥派系的近親繁殖現象。但過度巧合的是，這次被拒絕任命者，同樣都有反安倍政府與自成繼承安倍政府政策的菅政府立場。國家就對於特定立場的明顯顯露的好惡，極其容易引來侵害日本憲法所明文保障的學問自由或思想、良心不受侵犯的質疑。尤其是，菅首相在內閣記者會上自言，日本學術會議每年使用政府約高額預算，被任命的會員就是公務員的說詞，這樣的論述方式，就是基於特定行政目的之達成，加入特別權力關係者，處於附屬地位的傳統特別權力關係表現。
對於憲法保障下享有高度學問自由的日本學界與表現自由的日本社會而言，當然會引發高度警戒。現任學術會議會長為諾貝爾物理獎得主梶田隆章博士就此抗議表示，如果政府是基於我們的學術研究而拒絕任命，是嚴重侵犯日本憲法第 23 條所保障的學問的自由，要求首相補足說明理由並儘速任命。
參考新聞：
2020/10/05 NHK 菅首相 学術会議の任命見送り「学問の自由とは全く関係ない」
2020/10/01 共同 学術会議新会員任命見送りは6人 安保法反対の憲法学者ら
2020/10/01 日経 学術会議推薦者6人任命せず 政府、現制度下で初
2020/10/01 読売 首相、学術会議の新会員候補６人の任命を見送り…「落選」は制度開始以来初