日本首相菅義偉因為拒絕任命 6 名學者日本學術會議會員資格，風波持續不斷延燒，根據日本放送協會（NHK）每月進行的最新民意支持度調查顯示，菅內閣支持度較上任之初的 62% 下滑 7% 來到 55%，不支持度同時也上升 7% 為 20%。對於菅首相拒絕任命日本學術會議會員引發違反憲法上學術自由保障一事，雖然菅首相堅持這項決定依法適當並無違反問題，但仍有 47% 的受訪者表示無法接受菅首相就此問題的解釋。
面對學術界的質疑，菅政府發覺拒絕任命風波似乎有越演越烈的跡象，10 月 9 日菅首相本人再次親自就此問題回應，重申當時是基於綜合性、俯瞰式的判斷下所做出的決定，不會因此有所改變，對於未獲任命的 6 名學者，其強調只有收到 99 人的推薦名單，此言一出卻是引發更大的政治風波。官房長官加藤勝信 12 日出面表示，提供給首相的任命文書參考資料裡附有日本學術會議提出的完整 105 人推薦名單，對於菅首相沒有看到 105 人推薦名單的發言，加藤解釋菅首相的意思是「沒有詳細看」。
這樣的說法，更是讓在野黨與學術界抓到話柄，認為菅內閣的說法前後不一。在野黨質疑，如果菅首相沒有看到完整的推薦名單，如何對遭到否決的 6 名學者進行綜合性判斷，這一切說法充滿矛盾，甚至譴責官房長官加藤勝信試圖為菅首相解釋的說法是在說謊。相關法學專家也表示，如果首相沒有看到日本學術會議提出的 105 人推薦名單而做出任命決定，便違反《日本學術會議法》有關「基於學術會議推薦」的明文規定，必須究責是誰提供刪減過後的名單讓首相違法或首相本人說謊涉及政治誠信的問題。
日本憲法學界通說認為，憲法在第 19 條「思想與良心的自由」和第 21 條「表現的自由」之外，在第 23 條明文保障「學術自由」，這是具有特別意義的制度性保障。單純的學術研究受思想良心自由的保障，學術研界發表受表現自由保障，這次因拒絕任命而成為憲法爭議的學問自由，目的就是為了「對於特定既存秩序或制度受憲法直接保障，立法者不得任意變更其核心價值與內涵」，例如大學自治。
日本學術會議的前身「學術研究會議」在戰時的國家總動員要求下，作為戰時科學研究動員的中樞機構參與戰爭，基於這段「學術自由」遭受侵害的過去歷史，戰後在盟軍總司令部（GHQ）的要求下自行選任會員，1948 年公布的《日本學術會議法》雖規定直屬日本內閣總理大臣，但不同於其他政府機關或諮詢機構，特別著重其本身的獨立性，而這也才有 1983 年欲修改成，由首相接受日本學術會議推薦而任命遴選方式，時任首相的中曾根康弘在國會接受質詢答覆，「政府可做的是不能逾越形式上的任命。學問自由與獨立都要獲得最大保障」的政府見解。
由於基於戰爭的反省與高度獨立性的背景，日本學術會議某種程度相當排斥與政府機關特別是防衛省（廳）的合作交流計畫，一直以來成為保守派人士的眼中釘，似乎也不難想像。當然，以現下日本國民普遍對於政治的冷漠性來看，究竟由誰當選學術會議會員與其無甚相關，但是會不會因為學術界的普遍反撲造成風潮影響輿論，使菅內閣無法順利推動其他政務，甚至提前改選，進而重蹈首相年年更迭的歷史，這就是先前外界對於這位所謂無派系首相的擔憂。
參考新聞：
2020/10/13 日経 「首相に拒否権なし」「学問の自由に違反」 学術会議が主張
2020/10/12 NHK 日本学術会議「推薦リスト見ていない」は違法の疑い 野党
2020/10/10 朝日 加藤氏「推薦名簿は参考資料、見ていない」 首相発言で
2020/10/10 共同 学術会議行革を前会長が批判 「まず任命拒否の理由を」