因武漢肺炎擴大傳染發布的緊急事態宣言，日本政府決定新增 7 個府縣（大阪、京都、兵庫、愛知、岐阜、福岡、栃木）為對象區域。目的是為了強化以大都會圈為中心的防疫對策。期間與已發令的首都圈同樣到 2 月 7 日為止。
會追加關西地區是因為 9 日大阪、京都、兵庫 3 府縣的知事，以醫療體系緊繃為由向政府提出。12 日愛知、岐阜知事也通過視訊會議和負責武漢肺炎對策的經濟再生大臣西村表示希望能追加兩縣。另外，栃木縣知事也在 12 日與西村通電話要求追加栃木縣。而據政府關係人表示參酌專家意見最終除了提出要求的 6 府縣再加上傳染狀況惡化的福岡縣。
而首相 12 日也召集首都圈 4 都縣知事於首相官邸開會共享情報，也考慮會成立應對武漢肺炎的聯絡會議。為使緊急事態宣言能發揮效用，政府也請知事呼籲餐廳縮短營業時間等。
關於邊境管制措施，經過一番論爭，首相菅義偉在 13 日晚間記者會表示協議的 11 個國家、地區也會暫時停止開放入境直到緊急事態宣言解除為止。原本要確認到對方國家、地區內發生變種病毒的本土傳播，才會即刻暫停。不過，目前來自這11 個國家、地區的入境者並沒有發現感染變種病毒的案例，是慎重看待人民不安感提高的決定。
為了防止武漢肺炎變種病毒入侵，2020 年 12 月 28 日暫時停止所有外籍人士新申請入境。配合 1 月 8 日緊急事態宣言公告包含日本人在內所有從國外入境日本的旅客，皆需要提交 3 天內的 PCR 檢測陰性證明，接受與日本協議的 11 個國家・地區中、韓，還有越南、新加坡、泰國、台灣等，基於商務往來的出差人士、留學生、技能實習生在一定條件下的入境。14 日起將全面暫停新申請入境，而已領有簽證的中長期居留人士原則上 21 日 0 時之前還可入境。
針對再次入境的日本人以及有居留資格的外國人，必須簽立誓約書，內容包含不使用大眾交通運輸以及 2 週的居家檢疫等，違反可能會公開姓名或取消居留資格。
因為從這 11 個國家、地區入境日本的不只有商務人士，還包含農業、建設業的技能實習生。環境大臣小泉進次郎在 12 日的記者會上表示理解首相的用意「若經濟惡化自殺的人也會變多。這是綜觀社會全貌為了防止有生命失去的判斷」。
產經新聞也指出，外務省有官員認為：「沒有依據就貿然停止，重啟會變得很困難。」議員又揚言「會持續要求政府全面停止」。若聽從黨的主張全面停止的話，可能會導致政府向心力低落。
在野黨的國民民主黨代表玉木雄一郎在 10 日上午的 NHK 節目上表示：「首先必須要做的是邊境管制。對自己國民要求限制行動的話，應該要全面暫時停止入境」，也對政府的態度感到疑問，反問政府變種病毒已在英國、南非、各地擴散，還要接受透過商務通道的入境嗎？
在 12 日自民黨內的外交部會集會時部會長佐藤正久說：「為了預防變種病毒入侵而停止入境，商務往來又屬例外，政府的說明兩套標準，很難取得國民的理解。緊急事態宣言如果沒有獲得人民的共鳴就無法發揮效用。為了取得人民的共鳴就應該停止商業往來。」出席的議員紛紛表示贊同，有發言的 14 人當中 13 人主張全面停止，1 人要求強化檢疫。自民黨中堅批判放進來的是嘴上說是商務實際卻是觀光客，也有議員懷疑：「是在操心中國、韓國嗎？」。還有出席議員說「政府看不到輿論」或是「PCR 檢測並非滴水不漏，也沒有掌握入境後的行動，應該要全面停止」。而議員們會這麼強硬，產經新聞指出是因為自民黨當中以保守派為中心強烈要求強化邊境管制。2020 年，在傳染散播時政府全面拒絕從中國入境日本已經是 3 月了，受到輿論與在野黨的批判。
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