日本沖繩縣那霸市把公園用地免費提供給一般社團法人久米崇聖會用於祭祀儒教之祖「孔子廟」使用，被居民提起住民訴訟告上法院。上訴至最高法院 2 月 24 日經過全院庭審（大法廷）後判斷為違反憲法政教分離原則。
被告對象孔子廟原本是 17 世紀時建造的，在戰爭期間燒毀，暫時到別的地方重建，2013 年 4 月轉移到離原址較近的松山公園。這座孔子廟又稱「久米至聖廟」佔地面積 1335 平方公尺（約 404 坪）由 14 世紀來自中國福建的「久米三十六姓」移民後代子孫成立的社團法人久米崇聖會所營運，那霸市在許可轉移的同時也免除了那霸市條例規定 48 萬日圓的土地使用費用。只是到了 2014 年仍然還是在費用全免狀況下續約，有一些居民認為孔子廟是宗教設施但卻不徵收使用費「違反憲法的政教分離原則」，所以把市府告上法院。
政教分離的原則是由日本憲法第 20 條「宗教團體不能從國家接受特權」、「國家不得進行宗教活動」，以及憲法第 89 條「公款不得為宗教團體使用、提供方便和維持活動之用」所構成。
孔子廟由社團法人管理，大部分都是免費公開。在孔子誕辰日也會舉行祭祀孔子的儀式，針對一般民眾也有舉辦有關儒教、地區歷史的講座。
在日本孔子以思想家著稱，記載孔子與弟子之間應答的《論語》對日本人來說也相當熟悉。而在歷史上儒教曾被江戶幕府所重視，作為學問的「儒學」也為人熟知。以這樣的特殊性，市府方在 1 月開啟的辯論中強調「儒教沒有宗教性的面向」，且孔子廟作為觀光資源有社會意義，祭祀禮儀也有傳遞沖繩文化的部分，久米崇聖會也不是宗教法人，否定孔子廟的宗教性。再加上日本國內有湯島聖堂（東京都文京區）、足利學校（栃木縣足利市）等多個屬於國家、地方自治體的孔子廟。其他孔子廟沒有政教分離的問題是因為一般來說並沒有把孔子廟視為宗教設施。
對此原告方則主張那霸的孔子廟是具有濃厚宗教性內涵的設施，不論是在學術上或是一般人的認知都是毫無疑問的。批判市府當初在決定要把孔子廟設置在公園的時候，內部就有「幾乎就是宗教」的疑慮。
一審那霸地方法院指出在孔子廟舉行的儀式有崇拜神格化的孔子的宗教意涵，且孔子廟本身的「宗教色彩濃厚」。背後營運的社團法人也屬於宗教團體，所以那霸市無償提供土地使用是違憲。二審福岡高等法院那霸分院也判斷為違憲。
全院庭審以該會每年 9 月舉行的祭祀儀式會擺上供品迎接孔子的亡靈，指出這「不僅只是把孔子視為歷史上偉大的人物加以彰顯，還是以亡靈存在為前提敬奉的宗教儀式」。還有設置迎接亡靈專用的門扉，所以判斷孔子廟是以祭祀儀式為目的而建造的。
全院庭審 15 位法官裡唯一持反對意見的林景一法官（2 月 7 日退休）認為孔子廟的宗教性稀薄，並引用論語「殺雞焉用牛刀」來加以批判。提到沒有辦法明確指出助長宗教性的對象卻判斷為違憲，會擴張政教分離原則的曖昧性。
這次的政教分離違憲判決是第三例，過去最高法院作出違憲判決的還有另外兩件，皆是以神道為對象。
1997 年的「愛媛玉串料（祭祀費）訴訟」因愛媛縣向靖國神社支付祭祀費而被以縣府涉入特定宗教團體所進行的祭祀為由判決違憲。
另一件是 2010 年的「空知太神社訴訟」，跟此次案件非常相似。北海道砂川市將市有地無償提供給神社使用，被以向宗教團體提供公款、賦予特權等而認定為違憲。儘管神社的儀式對地方上的和睦有想當的意義，但神社本身也不得不說就是神道的宗教設施。
另外，過去在最高法院以政教分離為爭論點的訴訟案件主要是神道及佛教相關的問題，以儒教為對象這是第一次。
參考新聞連結：
2021/02/22 時事「孔子廟」訴訟、２４日に大法廷判決 政教分離めぐり憲法判断―最高裁
2021/02/23 産経 儒教の祖祭る「孔子廟」は宗教的？ 那覇市の公園に建つ施設、大法廷「政教分離」どう判断
2021/02/24 読売 「孔子廟」に那覇市が用地提供、最高裁が「違憲」判決…宗教的活動を援助
2021/02/24 産経 孔子廟違憲 廟の性質、個別に検討 歴史・文化的意義も考慮