菅義偉政府開始嚴正關心中國政府在日本國內設立的「孔子學院」。會有如此變化的背景是因為美國及歐洲國家陸續指出「孔子學院是中國共產黨的間諜以及政治宣傳的機構」，並且還有下令關閉孔子學院的動作。以文部科學省為首會與相關省廳合作，確保營運上的透明。
文部科學大臣萩生田光一在 13 日的參議院文教科學委員會的答詢中，針對設有孔子學院的大學表示「在不妨礙以大學為主體進行的研究活動下，希望能促進組織營運及教育研究內容等資訊公開來提高透明度」。
自民黨的參議員有村治子提到美國及澳洲把孔子學院視為對國防、學術自由的威脅，追問「在日本的大學當中還有其他受到外國政府實質掌控的文化推廣據點嗎？」。文科省答覆這樣的文化據點僅知道只有孔子學院。有村又控訴「在日本的大學裡唯一有組織性、戰略性成立的文化中心是共產黨獨裁國家的據點，這樣是健全的嗎？」。
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另外，外務省在委員會上說明，除了美國之外，在加拿大、法國、德國、瑞典的部分大學也都關閉了孔子學院。
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在日本國內設有孔子學院的大學共有 14 所，其中包括了早稻田大學、立命館大學等知名學校。據文科省的說法，海外的教育機構在與日本的大學合作的時候並不用獲得國家的認可，大學方面可以自由提供教育課程。
因此文科省並沒有掌握到孔子學院實際營運的狀況，不過文科省的負責人在當天強調「至少有必要向大學方面尋求（有關組織或活動的）資訊透明」。
關於文科大臣的答詢內容，產經新聞採訪早稻田大學表示「沒有直接從文科省聽到相關話題所以不作評論」，立命館孔子學院則表示「包含組織營運、教育內容等資訊公開在官網上」。
富士晚報採訪帶出孔子學院議題的自民黨參議院議員有村治子，她說：「在『國際交流』的美名之下，日本必須要有危機感，肩負自己國家未來的學校，被外國政府實質控制的機構所滲透」。
孔子學院設立在全世界約 160 個國家、地區，日本也有 14 所，孔子學院在之前就被視為問題。
去年 2020 年 8 月美國國務卿蓬佩奧（Mike Pompeo）提到「孔子學院接受來自中國政府與中國共產黨的外宣機構的資金」，並將營運美國國內孔子學院的「孔子學院美國中心」指定為外國使團。現在在歐美已陸續關閉該學院。
防衛省智庫「防衛智庫」在今年 3 月公布的「東亞戰略概觀 2021」當中提到美國將孔子學院視為「國防上的威脅」，因此有了 13 日在參議院文教科學委員會中受到矚目的質詢。
有村提到「為了堅持校園內的『言論、思想、學術領域的自由』也好，去謀求孔子學院的透明性，讓日本的大學可以自主管理，文科省必須要有作為當事人的意識，把握現狀」。
有村在 20 分鐘的質詢介紹了孔子學院在海外引起的摩擦案例，引出了孔子學院在結構上的問題。
針對富士晚報的採訪，有村作出以下結論：「日本作為自由・民主主義陣營的一員，鞏固國土的『內在保護』是極為重要的國政課題」、「若能做好掌握巧妙滲透日本的中國共產黨實際情況的機制，對中國的交涉能力也會增強。這次的質詢跨出了大大的第一步」。
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參考新聞來源：
2021/05/13 産経 孔子学院の情報公開促す 「中国のスパイ機関」 文科相、設置大学に
2021/05/19 zakzak 「中国共産党のスパイ活動やプロパガンダの機関」孔子学院問題、自民・有村治子氏が警鐘 「外国の宣伝工作への『内なる守り』を固めよ」