防衛大臣岸信夫在 8 月 31 日撤退為協助撤僑而停留在巴基斯坦的日本自衛隊。原訂計畫要撤回日本的共有約 500 人，而最後搭上自衛隊運輸機的僅有 1 名日本人和 14 名阿富汗人。《產經新聞》報導指出這背後是因為自衛隊的行動受到日本憲法的限制。
日本政府在 8 月 23 日決定派遣約 260 名自衛隊員、一架 C2 和兩架 C130 運輸機和前往阿富汗（24 日出發），原本打算要撤出駐阿富汗日本大使館和國際協力機構（JICA）的當地員工及其家人共計約 500 人。
自衛隊 3 架運輸機在 25～27 日從巴基斯坦的據點共計 5 次抵達喀布爾機場，因為塔利班的管制站讓阿富汗的協力者無法靠近機場，導致自衛隊好幾次都「揮棒落空」。最後只有載回 1 名共同通訊社日本人員工和 14 名受美國委託的阿富汗前政府官員。
自衛隊要進行保護在外國的日本人的任務時，日本政府有兩個選項。一是派遣自衛隊到機場，這是這次日本採用的模式。另一個是自衛隊到街上救出日本人，這個模式可以對阻礙任務進行的勢力使用武器，這是 2016 年安保關聯法案（自衛隊法第 84 之 3 在外日本人等的保護措施、第 84 之 4 在外日本人等的運送 ）施行後才可進行的模式，不過這必須取得當地政府的同意。
然而，此次的自衛隊派遣任務，上述後者的選項已被排除。因為現在握有實權的塔利班並不是一個可以負起維持治安責任的狀態，也就無法成為給予自衛隊行動「同意／許可」的「當地政府」。日本政府對於日本憲法第 9 條的解釋是在海外禁止在發生武力衝突以外的情況使用武力，如果有和當地軍隊交戰的可能性，自衛隊沒有辦法去救援停留在城市裡的日僑和阿富汗人。
日本政府原本打算在 8 月 26 日，讓阿富汗人搭巴士到機場，但因為機場周邊發生自殺炸彈攻擊，只能作罷。對此，韓國政府在 25 日以 6 台巴士載了 365 人到機場。韓國是在 22 日取得巴士，日本則是在 21 日。韓國最終撤回韓國機構當地員工和家人共 390 人，有一大半是 10 歲以下的小孩。若是早一天決定派遣自衛隊，狀況也可能不一樣。外務省相關人士表示「日本有『自衛隊是最後手段』這樣的政治文化，如果這導致延誤的話需要反省」。
外務大臣茂木敏充在 31 日的記者會上反駁外務省太晚向防衛省要求派遣自衛隊這樣的觀點。他說是很迅速作出決策並派遣自衛隊，有考慮到瞬息萬變的狀況中可以採取的手段，也不認為自衛隊太晚出動。
茂木強調「在最安全的日子，以最安全的手段和時間撤離」。茂木也提到在 26 日自殺炸彈攻擊之後，「有幾十台的車子停在塔利班的管制站，想到很多人（搭日本政府準備的巴士）到那裡不知道會發生什麼危險，所以我無法做出要他們直接過去的決定」。
茂木也承認在現行法制（指自衛隊法）之下，沒辦法交付自衛隊出機場到喀布爾市內將日僑和外國人帶到機場這樣的任務。
另外針對有記者提問茂木當時人還在中東訪問有沒有影響到派遣自衛隊的決策，茂木則反駁說「你說的是哪個時代的事？明治時期嗎？WiFi 連不上嗎？我每天都有聯絡」。他也強調出訪中東有利於直接和塔利班有深厚關係的卡達和土耳其做意見交流。
首相菅義偉在 1 日針對這次自衛隊的行動表示「這次任務最大的目標是保護日本人，在這個意義上他們做得很好」。
對於沒有達成撤回當初日本政府預定的 500 位當地員工及家人，首相則表示「日本政府之後會持續和美國等相關國家共同努力，確保日本人和與日本合作的當地員工的安全以及必要的出境」。
喀布爾 8 月 15 日被攻下的那一天，日本駐阿富汗大使館閉館，而大使岡田隆已經不在阿富汗境內了，17 日 12 位大使館日本職員搭乘英國軍機離境。外務省另外在土耳其伊斯坦堡設置臨時辦事處，接續駐阿富汗大使館的業務。
參考新聞連結：
2021/08/31 産経 茂木外相、アフガン自衛隊派遣の遅れを否定
2021/08/31 産経 アフガン退避支援の自衛隊撤収 邦人保護に憲法の壁
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