日本政府同意在柬埔寨與日本兩國經濟合作的框架下，透過日本非政府組織向柬埔寨提供 96.8 億美元的贈款用於兒童醫療和教育。此外，日本也曾在 2020 年 11 月 9 日提供柬埔寨警方 3 億日元（290 萬美元）贈款用於反恐。日本正在跟中國競爭對柬埔寨的影響力，但人權團體批評日本資助柬埔寨警察是在助長政府鎮壓反對黨和異議份子。
日本和柬埔寨 2020 年前 10 個月的雙邊貿易額為 17.48 億美元，在前一年同期相比衰退 8%。其中柬埔寨向日本出口了約 13.58 億美元的商品，衰退 6%，產品主要為服裝、鞋子和電子產品。柬埔寨則從日本購買了 3.9 億美元的產品，衰退 12%。不過，2019 年的雙邊貿易額和 2018 年相比則是成長 13%，達到 22.92 億美元。
日本政府目前是柬埔寨發展主要援助者之一，近期提供的近百萬美元援助中有 69.4 萬美元將挹注國際發展／救濟基金會（Foundation for International Development/Relief, FIDR）的桔井省（Kratie）醫療系統與小兒科手術加強計畫（第二年）。其他約 27.4 萬美元是透過日本救濟協會（Association for Aid and Relief, Japan）用於示範區域殘疾兒童融合教育提升計畫（Project for Promotion of Inclusive Education for Children with Disabilities by Enhancing the Practices in Model Area）以及發展融合教育系統（第二年）。
此外，日本外交部也在 11 月 9 日宣布向柬埔寨國家警察提供 290 萬美元的贈款，用來增強柬埔寨的反恐能力，資金將用於購買車子和其他設備以保護政要，特別是在 2022 年柬埔寨主辦東協峰會之前這段期間。然而，人權觀察（Human Right Watch）亞洲區副主任羅伯森（Phil Robertson）說：「日本正在危害生命，而非把納稅人的錢資助柬埔寨警方來保護生命。柬埔寨警察幾十年來一直在打壓和平抗爭者、反對派和重要的記者。日本政府大概不會希望未來在警察鎮壓的現場看到他們（日本）提供的設備。日本和柬埔寨政府之間的政治妥協正在付出極大代價損害柬埔寨人民的權利，向柬埔寨正警察提供資金只會讓日本捲入侵犯人權的行為。」
儘管自 2017 年以來柬埔寨警方不斷加大反對派的鎮壓力道，但日本政府一直在人權方面保持沉默，其中也包含對柬埔寨在 2018 年大選鎮壓反對黨一事保持沈默。而日本政府的態度很大一部份原因是要和中國競爭對柬埔寨的影響力。
參考來源：
2020/12/12 Khmer Times Japan to provide nearly $1 million to support two projects in Cambodia
2020/12/12 Khmer Times Cambodia-Japan trade volume recorded at $1.7 billion in first 10 months
2020/12/11 Human Right Watch Japan: End Assistance for Cambodia’s Abusive Police