在今年(2020年)11月底，台灣水下作戰工程正式在高雄啟動，台船建造潛艦的專屬廠房「海昌大樓」完工後進入建造潛艦的階段，預計2024年首艘原型潛艦下水，2025年若測試順利將交付海軍服役。
台灣等待新一代水下作戰武力已經有12年之久，從1980年起海軍規劃「劍龍專案」，提出新購傳統柴油動力潛艦的需要，向荷蘭購買劍魚級潛艦，最初預定採購6艘，但因預算有限，加上中國在外交上的強烈杯葛，只有兩艘潛艦「海龍」(SS-793)和「海虎」(SS-794)成軍。
由於中國長時間透過在歐洲的外交管道阻擋台灣建構水下作戰能力，包括從印尼購買獲得德國授權製造的SUT重型魚雷武器，中國用外交施壓向德國和印尼政府阻止出售，台灣的水下作戰魚雷獲得管道也難再有新的購買計畫。有鑑於此，除了轉向美國出售Mk-48魚雷增援，也曾在1990年代委由中科院「亢龍計畫」開發中長程重型魚雷，但在扁政府時期受挫，也靜止了一段很長的研發時間。
不巧的是，扁政府向美國提出8艘潛艦的軍購需求，遭到國民黨等立委「政治惡鬥」而強力杯葛，台灣就此空白了12年建構新的水下作戰能力，馬政府時期不但沒有加強，連曾發生多次台灣海下水文遭到中國竊密的案件，以及台灣在南海戰略遭受中國政商介入的疑雲。但如今隨著潛艦國造進入建造階段，台灣各種水下作戰建構將會有新的改變和翻轉，當然外部挑戰也會伴隨而來，同時也反映出台灣維護海上生命線的艱困和努力。
1918年，第一次世界大戰後，德國U型潛艇改變了海軍作戰的規則，也打破了艦隊防線的基本觀念，早在日治時期的台灣，首次接觸來自歐洲的潛艇就在澎湖，當時德國戰敗後日本獲得的戰利品，停泊在馬公港。
1919年6月的《台灣日日新報》報導記錄，橫行地中海的U型潛艇對協約國造成無法估計的損失，也讓我國(日本)的第二特務艦隊嘗盡艱辛，作為日進、關東兩艦先鋒的23艘驅逐艦及7艘戰利品的德國潛艇，於上午11點全部進入馬公港。
1928年於基隆漁業底撈的日本人西村一松，事業擴及西太平洋地區，在東京赤坂開設「西村深海研究所」，雖然沒有學歷，但他憑藉個人自學的能力，學習船用主機、馬達、電氣系統，規劃建造有自航性、作業性、可採集珊瑚等深海作業潛水艇。
西村的潛艇設計完成後，原想委託三菱造船所建造，但造船所沒有建造的經驗而拒絕，因此轉往基隆一家鍋爐工廠生產，在1929年完成首艘潛艇「第一號艇」，於宜蘭龜山島外海進行潛航測式，不久他做出第二艘潛艇「第二號艇」，為的是能讓採集工人能安全作業外，和水下技術的升級，這是日本人首次出現有人潛艇的紀錄，也是台灣首個有製造潛艦的歷史，後來西村的技術獲得日本海軍省的支持，協助打造伊-400潛艦，讓潛艦成為海軍的戰力之一。
1941年珍珠港事件爆發後，台灣被捲入太平洋戰爭內，由於台灣位處西太平洋重要的節點，不僅是戰略跳島，島嶼附近也是擁有重要的水道要衝，南有巴士海峽為南海和菲律賓海要道，北有東海和鄰近宮古島海域，二戰時日軍南洋作戰規畫期間，在高雄、屏東和澎湖都有設置震洋艇和震洋特攻隊任務艇，尤其在左營地區日軍設置訓練基地，留有兩座日軍震洋特攻隊自殺艇之「格納壕」坑道，以及在屏東大鵬灣地區有水上飛機和特攻艇基地。
但到了太平洋戰爭後期，日本海軍聯合艦隊在菲律賓遭受打擊後，美軍的「貓鯊級」潛艦多次在南太平洋地區重創日軍水面艦和運輸艦，台灣附近的海域也有不少日軍艦艇遭受攻擊而沉沒，其中在1944年台籍海軍特別志願兵搭乘「護國丸」運輸艦，航行至九州外海古志岐島燈塔海域附近，遭到美軍「魮魚號」潛艇(Barb,USS-220)魚雷擊沉，造成212名台灣人就此沉入大海，是史上最慘重的海難事件。以及1944年8月間，於恆春外海遭美軍潛艦擊沉的日本運輸艦「玉津丸」，當地鄉民傳聞遇難的日軍遺體衝上海岸後被集中焚燒，繪聲繪影的鄉野傳聞流傳至今。
1949年後，國府接收舊日軍在左營的軍事設施，1960年7月成立「海昌特攻隊」，起初成員不多，約有9名，另有4名維修人員，當時奉命在中國東南沿海執行滲透特攻，同年8月，外聘義大利籍教官，指導各項潛入作戰和駕駛潛爆艇的教學。
國府還命令時任駐義大利武官的汪希苓，探詢是否有廠商能做出類似義大利的潛爆艇，汪希苓在接洽後，將潛爆艇的相關零件運到台灣，1960年7月抵台，在淡水的「海軍第三造船廠淡水分廠」進行組裝。義大利原廠建造4艘，台灣自力仿造3艘，於1964年編入海軍，1965年改稱「海昌艇隊」
但當時國府認知光是只有潛爆艇，海軍作戰能量不足，需另外購得潛艇強化戰力，1963年國防部特種軍事情報室再向義大利訂造兩艘「SX-404」型袖珍潛艇，代號「武昌計畫」，義大利廠商來台後於淡水地區建造組裝廠房，但工廠機具不齊全，在1964年移往高雄續建廠房，兩艘袖珍型潛艇在1968年出廠海測，1969年10月，於左營南碼頭成軍，並命名為S-1「海蛟號」與S-2「海龍號」，雖然兩艘武昌袖珍艇因性能有限於1973年除役，讓美國得知台灣擁有水下作戰技術，也改變對國府限制出售潛艦的態度，1971年國府海軍「水星計畫」成立，用以接收美軍支援的潛艦作業。
同年4月，美國同意以「有償軍援」方式，提供兩艘「茄比級」傳統動力潛艦給國府海軍，以強化反潛能力，1972年3月，首批80名軍官到美國受訓為期一年，首艘售台的潛艦「帶魚號」(Cutlas,SS-478)於1973年4月12日移交給國府海軍，更名為「海獅號」(SS-793)，在舊金山完成大修後於1974年2月返國，第二艘「單鰭鱈號」(Tusk,SS-426)於美國康州舉行移交儀式，更名「海豹號」(SS-794)，並於1974年1月10日返台。
這兩艘在二戰時期戰功彪炳的潛艦，交付給國府後至今服役已經70多年，儘管她們已經是退居二線的訓練艦，水下戰備任務早已交由海龍、海虎兩艘潛艦擔當為主，但傳聞要把這兩艘老骨董潛艦翻修再戰，1980年代自荷蘭來台的兩艘劍龍級潛艦也要升級延壽，外購新潛艦和國造在之前一直陷入國際現實困境和政治紛爭，也反映出台灣水下作戰籌獲新潛艦的窘境。
台灣及附屬島嶼四周環海，水下作戰策略卻起步得晚，有一段很長時間在水下研究下處於空白階段，直至90年代起開始進行科考工作，不僅是維護海上運輸線，海底下的自然資源和海底電纜架設，都是身為海洋國家的台灣需要做的海下戰略藍圖這也就是為何潛艦對台灣來說極為重要。
對中國潛艦活動來說，由於台灣海峽最大深度約180公尺，潛艦技術苦於噪音問題活動受限較大，容易遭到偵測，東海底下有約1500公尺深的大陸棚，有日本、南韓和美國的潛艦與反潛作戰機等活動，難以發揮潛艦突擊和封鎖作戰的能力，巴士海峽和台灣西南海域範圍，成了中國海洋活動的必經之路，在這範圍的海底環境變化之大，利於潛艦活動，當潛艦潛下深度約2000公尺後，反潛偵蒐系統就會失去追蹤訊號，若潛艦技術更高級(如強化動力靜音、AIP絕氣系統和鋰電池)，讓反潛方更難追蹤潛艦活動。
在2020下半年開始，中國運8反潛機、電偵機多次在這裡常態化挑釁，目的不是只有封鎖台灣外島增援路線或是製造灰色突襲，也是力圖保障中國在南海往太平之間的水道能不受台、美海空軍制肘，美軍和台灣在該海域強化水下監聽反制外，未來台灣海軍新一代佈雷艇服役後，海域戰術佈雷可牽制與阻礙，同時限制中國潛艦的水下活動。
真正能讓潛艦發揮戰力的區域，就在台灣東部和東南部海域，也是台灣反潛單位重鎮練習區，也是中國積極在該海域的潛艦活動範圍，早在1997年開始就不斷在東部海域偵測到中國的潛艦活動，最接近一次的緊張情勢是在2000年總統大選之前，海軍「汾陽」軍艦(FFG-934)在宜蘭與花蓮交界的領海線附近，遭遇一艘中國潛艦，雙方展開三個晝夜的激烈攻防，當時服役的艦上官兵回憶，中國潛艦缺乏保密觀念，與友軍彙報機密內容遭到台灣方面截聽，海軍緊急增派反潛兵力，逼迫中國潛艦離開，不但沒有退後，還刻意接近台灣領海後又退回，玩起灰色空間的模糊戰略，直到大批水面艦援助後，中國潛艦才離開該海域。
儘管現在台灣擁有P-3C反潛機，早已取代舊有的S-2T，並且有中科院的萬象系列水雷可做反潛任務，但潛艦依然還是不可會或缺的反潛角色，沒有潛艦的佈署難以發揮水下戰略和海線安全，而現在美國也推出開發無人潛艦，以及智慧魚雷的發展，也是未來台灣建構不對稱作戰中的環節之一。