立法院倒數第二個會期，民進黨政府意識到防微杜漸的重要性，連續通過維護主權和國家安全的相關法案，首先是 5 月 7 日通過的《刑法部分條文修正案》，將中國、香港、澳門、境外敵對勢力或其派遣之人納入外患罪，堪稱刑法外患罪章的重大變革；再來是《國家機密保護法部分條文修正案》，除了延長涉密人員離退後的管制期，對於洩漏或交付國家機密於外國、中港澳或境外敵對勢力的行為，把刑責提高到三年以上十年以下有期徒刑，如果涉及絕對機密，則可判處十五年有期徒刑。
有關台灣與中國的互動，5 月 31 日通過的《兩岸人民關係條例第 5 條之 3 修正案》，涉及高層政治的規範，明定兩岸簽署政治協議，除了要經過國會雙審議（協商前及締約後），還要交付全國性公民投票。這次修法針對可能碰觸主權的協議設下安全閥，以後不論誰執政，只要涉及政治性協議，就要面對高門檻的嚴峻考驗。
