警備總部／保安司令部作為國民黨蔣家王朝的錦衣衛、劊子手，橫跨的時間（一九四五年–一九九二年）實在太長，涉入管轄的業務範圍也太廣，很難用有限的文字勾勒其清晰完整面貌。本系列第一篇從台灣人的生活、文化上受到控制說起；接著介紹了警備總部／保安司令部的組織與演進；本章節則旨在描述它們讓白色恐怖無所不在的作為。
國民黨政權（當時的國民政府）是以占領者、殖民者的姿態登陸台灣，警備總部既然是進行軍事接收實際指揮、執行機構，就必須對一九四五年末到一九四七年初之間，所有軍人的胡作非為、劫掠濫殺台灣人等惡行負責；該總部所屬部隊及來台歸其管轄的第七十軍、第六十二軍，素質低落、軍紀極度敗壞，他們的惡行加上各級行政官僚的貪腐、顢頇無能，所積累的民憤，已經使台灣社會在那段期間動盪不已。
接下來所發生的二二八事變，雖然是由貪婪的帶槍緝私員蠻橫緝菸所引爆，但致使事件一發不可收拾的是：民眾到行政長官公署請願時，陳儀拒不接見處理，且放任駐守長官公署的部隊開槍射殺民眾。這支駐守部隊正是配備機槍的警備總部特務營步二連第一排（如圖，台灣省警備總司令部特務營兵力任務駐地一覽表），射殺民眾使用的就是機槍。警備總部事先調撥周邊的部隊（駐守在昔東門、昔中正路附近的機關）重兵守衛公署，調撥的步槍近百支、輕機槍約十挺，造成的死傷雖沒有正確數字，但不難想像其激怒台灣人的程度。
白崇禧（當時曾受蔣介石之命偕同蔣經國來台「宣慰」）兒子白先勇在《止痛療傷：白崇禧將軍與二二八》一書中【註十】指出，蔣介石處理二二八事件的方針是「先剿後撫」；以時任警備總部參謀長的柯遠芬為首則「主張嚴厲制裁，大開殺戒」。白崇禧本人也在中央研究院的口述記錄裡指出，他在召開綏靖清鄉會議時，柯遠芬曾發言表示，「此等暴徒淆亂地方，一定要懲處，寧可枉殺九十九個，只要殺死一個真的就可以」。另外，柯遠芬自己在《事變十日記》更坦言：「奸偽的陰謀業已完全證實，事件是無法和平解決的，只有準備充分的力量，與此反動勢力奮鬥」。台灣一代菁英因而絕大多數在事變中遭莫名殘殺，蔣介石、陳儀、柯遠芬、彭孟緝（時任警備總部高雄要塞司令，首先出動正規軍隊高雄人進行掃蕩屠殺）等人是罪魁禍首殆無疑問。
當時，第七十軍與第六十二軍在台灣違法徵兵整編後，已調回中國支援內戰，替補的是擁有二萬二千名兵員、配備新式武器的整二十一師；綏靖清鄉大肆濫殺搜捕的任務完成後，陸軍第二○五師（也擁有官士兵二萬一千餘名）才於一九四七年八月下旬接替整二十一師後續任務。
彭孟緝在事變後受蔣介石重用接掌警備總部，該總部當年的工作報告說：「共匪在台組織經二二八事變之破壞，大部已告肅清，迨三十六年五月間，中共華南局未繼續控制台灣，復陰謀組織中共台灣特區黨委會及台灣軍區司令部兩組織，….。」【註十一】這份報告遂成為警備總部持續展開森嚴整肅的根據，在每個角落部署「諜報組」，配合國防部保密局、司法行政部調查局、憲兵調查組、國民黨中央黨部社調系統、警察局保防組等特務系統，將台灣全面陷入肅殺的控制網。
軍事極權統治下，警備總部／保安司令部始終是凌駕於行政機構之上，像一九四八年五月十六日，台灣省政府暨《台灣全省警備司令部》成立一周年，在紀念大會上，省主席魏道明只是象徵性作為大會主席發表致詞，重頭戲是保安司令部司令彭孟緝的致詞，魏道明沒有書面文告，彭孟緝既發表書面文告，又具名在報紙發表〈一年來警備概況〉，並透過廣播電台發表談話；那次周年紀念及同年十月二十三日，該司令部兩度舉行閱兵儀式，對台灣人實施軍事武力威嚇。
更重要的是：同年七月二十一日，由該司令部召集的「辦理內亂案件聯繫會議」，確定軍憲警等特務機關對於內亂「嫌疑分子」可以隨時逮捕嚴密偵訊，先送由該司令部「嚴密偵訊」，非軍人移送有權管轄法院辦理時，該司令部要求法院應參照檢舉或移送機關意見審理。對於白色恐怖違憲違法的濫捕，連法院都必須聽命於它，司法獨立蕩然無存。
一九四九年五月二十日警備總部執行《戒嚴令》，根據《戒嚴法》將台灣劃定為接戰地域，所有非軍人觸犯懲治叛亂條例及陸海空軍刑法第二條暨戒嚴法第八條所列案件，概由警備總部／保安司令部審理。三個多月後，警備總部改制為《台灣省保安司令部》，軍法業務方面開始厲行擴大軍事犯檢察範圍，並加強匪諜、奸偽檢肅。另外，兼辦違反三七五減租（很多農民因這項罪名被判刑）、非法入境、地下錢莊、盜伐森林等等案件，並可飭令憲警機關嚴密偵查流氓分子。
保安司令部軍法處看守所一九四九年底的統計，關押的叛亂、奸偽人犯原本只有五一四人，到了隔年三月就激增到八、九百人，八月以後經常維持在一千二百人左右。根據保安司令部的工作報告，一九五○年全年受理的案件多達四千二百餘件，審結的案件二千六百餘件，人犯就達四千七百餘人；其中，台灣人二、○七七人，占百分之四十四；以教員一六四人、學生一三三人、農民四九三人、工人八七三人、商人八六一人、醫生八十六人等等的人數居多；被處死刑的多達一六八人，但以叛亂罪名判決的有一四七件，一、五○六人，其中，判處死刑一二四人，無期徒刑五十七人，十五年以上二六一人，十年以上一四二人，其餘是十年以下、移轉管轄、感訓等等。
蔣介石於一九五八年下令改組保安司令部為《台灣警備總司令部》時，有一份極機密文件〈後方治安機構改編計畫〉（國防部奉蔣介石〈四七〉台統二健字第○一六三號電令擬定）中，對於擴大警備總部管轄權明確釐訂：「警備總部對地方行政官，關於軍事事務之指揮權，除對省主席有關之事務可以統帥名義行之以外，其餘可由該總部直接指揮。」警備總部的權力擴張到無限大。有關警備總總獨攬大權的四十七年中，由警備總部／保安司令部以軍法處理的政治案件數量及受難人數，註九已經述明就不再重複。
整個白色恐怖期間送軍法偵辦的嫌疑人，無論是在警務處、憲調組、調查局招待所、國防部保密局、警備總部／保安司令部的保安處與軍法處，幾難逃過各種各樣刑求逼供的遭遇，翻遍白恐案件資料幾乎找不到沒有刑求的事例，試舉四例簡單說明。
第一例，二二八事變時的「二七部隊」領導份子被捕都遭受嚴酷刑求，根據已知的資料，其中以一九五○年的六月二日被捕的陳明忠，所經歷的刑求招式最多，至少比二七部隊隊長鍾逸人所受的苦刑還要多。他被彰化憲兵隊先後「伺候」老虎凳、灌清水及辣椒水，灌漲了肚子，再用腳踩肚子，讓他吐出來；後來還對他刑之以「背寶劍」的招式，將他的手臂一從肩上、一從腰際，以手銬緊緊銬住吊起來毒打。最後移送保密局南所繼續飽嘗棍子毒打的苦刑。他先後犯了兩案，總共關了二十一年。
第二例，一九六三年，蔣經國透過《中國青年反共救國團》主導了「中國青年自覺運動」，曾擔任該運動推行會第三屆秘書長及主席的許席圖（政大企管系三年級）在該項運動沉寂幾年後，結合了一些當時的運動同伴，仿該推行會的模式成立「中國統一事業基金會」；一九六九年被警備總部滲透的抓耙仔告密，九位主要人物遭以成立叛亂組織罪名逮捕，全部受到電刑、冰刑等等殘酷刑求，許席圖甚至在冬天被剝光衣服並強迫手淫，不從即予以毒打，他因不堪刑求而精神失常，最後則終身被關在玉里療養院。
第三例，此例是極少數將刑求明載於公文書上的。羅織一百多人繫獄的「澎湖兵運案」，受害者是從中國逃亡到澎湖的山東煙台聯合中學師生。警備總部澎湖防守司令部在報告文件中記載：「….似有孫盟嫌疑，於是用盡諸種方法，搜集其證據，擬予以斷然處置….。」【註十二】，保安司令部接辦的簽呈也明記：「鄒（鄒鑑）經多日疲勞偵訊，業已供認附匪不諱。」、該司令部另下令：「張敏之（山東煙台聯合中學校長）應多方搜檢罪據，疲勞偵訊，使其招認。」【註十三】所謂「用盡諸種方法」，就是刑求逼供。有四十二名師生被押解警備總部／保安司令部審辦，以匪諜罪判處兩人及另五名學生死刑，其他被羅織的師生分別判處徒刑。
第四例是最離奇的案例，連檢察官都遭到警備總部刑求。一九六三年，台北地檢處檢察官王鎮偵辦假出口退稅官商勾結案，被指控涉及索取賄賂，被逮捕經初步偵訊後即由高檢處函請警備總部協助偵查，他被拘押在六張犁警備總部看守所四天期間，遭受嚴刑拷打，遍體麟傷。此事鬧大後，警備總部從總司令到相關單位主管，不但都接受了以陶百川為主的監察委員調查，還首度出現警總官員列席立法院司法委員會備詢的場面。
陶百川在調查報告中，對警備總部凌駕於司法機關之上的問題著墨甚多，他有意藉該案特別突出警備總部的適格、適法問題，並認為警備總部不應逾越界線，必須從制度、程序上避免刑求。結果，仍然無法改變國民黨政權特務刑求取供的作法，直到一九七九年的〈美麗島事件〉、一九八一年陳文成命案，照樣發生刑求情形。
有關警備總部／保安司令部的權力分際問題，其實早在一九五一年就發生了爭議，當時的台灣省參議會通過決議，要求把軍人、匪諜及搶劫重大案件以外的一般案件送由法院辦理，行政院曾初步制定〈台灣省戒嚴時期軍法及司法機關受理案件劃分暫行辦法〉，但是，該司令部應付式地僅就受理而尚未判決的二四○案、七四七人中，整理出三十四案、六十八人，送到後續會同司法行政部召開的審查會時，雙方劍拔弩張，保安司令部悍拒交出更多，理由是：「軍法審判係屬軍令系統，實施軍法裁判性質乃基於統帥權之作用，並非國家刑罰權之行使。總統統帥權之任何部份均不容削弱。」行政院隔年才讓步將暫行辦法改為〈台灣省戒嚴時期軍法機關自行審判及交法院審判案件劃分辦法〉，權責劃分只作小幅度調整。
一九六六年被整肅的調查局第一處副處長李世傑，曾經這麼說：「一切羅織捏塑拼湊的罪狀，完全依靠訊問者瘋狂殘忍的暴行與無恥詐騙的編造。」刑求逼供充滿了血腥及在受害者身上留下了終生後遺症，然而，所有遭到刑求的受害者不是噤若寒蟬，就是投訴無門，即使有憑有據上告法庭，也會在特務機關以「本部（處或局）的筆錄或口供，均以合法方式取得，絕未使用刑訊」的函覆下，不了了之。令人痛心的，不少案例是被刑求到傷殘；李世傑涉入的「蔣海溶等叛亂案」，就有一位在警總軍法處看守所內自殺身亡，疑點重重，引起很多揣測【註十四】。
一九四九年至一九五四年是白色恐怖整肅的高峰期，以四六學運案為起始整肅包括〈光明報案〉在內的學潮，繼以整肅工運的叛亂案及匪偽組織案與匪諜案為大宗，血流成河堪比二二八事變時期。蔣介石也在這段期間剷除權力結構內的歧異分子，其中包括由國防部保密局、警備總部／保安司令部執行整肅，像孫立人案及多位尸位素餐的中央代表等等案子。
然後，因為廖文毅在日本成立〈台灣共和國臨時政府〉，以及民主自治思潮興起，從一九五六年起，保安司令部／警備總部偵辦的台獨案增多，羅織罪名的伎倆依舊、刑求逼供的手段依舊。一九五八年六月底保安司令部改組為《台灣警備總司令部》，一般習稱的警備總部偵辦了大家熟知的大案，諸如：雷震案、蘇東啟台獨案、陳三興與施明德等人的台灣獨立聯盟案、彭明敏三位師生的〈台灣人自救宣言〉案、全國青年團結促進會案等等，不勝枚舉。
一九六七年起，國民黨政權擴大「黑名單」，成千上萬學有專長的高知識台灣菁英無法返台貢獻家鄉，他們的家人也成了警備總部監控的「黑名單」，出入境被控管，他們的越洋電話更列入「彩虹專案」監聽【註十六】，後來幾乎所有黨外民主人士都成為這項專案控管的對象。國民黨政權更透過外交手段抓捕獨派人士回台判刑（日本方面被遣返入獄案例最多），鄭自才、黃文雄在美國紐約狙擊蔣經國失敗後，被警備總部偵辦的台獨案更多了，多到數不勝數。
自一九七五年開始，黨外政論雜誌如雨後春筍冒出來，警備總部查禁、搜扣行動進入高潮，但黨外運動風起雲湧，警備總部動員憲警一路打壓滅火不及，竟然編造假匪諜將黨外大老余登發及其子逮捕判刑，再動用極端反民主分子公然以暴力破壞黨外民主運動，對峙抗爭情事逐漸升高後，國民黨政權設計了請君入甕的〈美麗島事件〉，一網逮捕黨外領導精英。
一九八七年戒嚴解除了，但國民黨政權仍然繼續政治監控、剝奪言論思想的自由，以致一九八九年鄭南榕因追求百分之百言論自由，刊登「台灣憲法草案」，還被國民黨政權下令逮捕，最後肇致鄭的自焚。至一九九一年，《動員戡亂時期臨時條款》廢除，還發生「獨台會逮捕事件」，而促成廢除刑法一百條的運動。警備總部雖然在一九九二年被撤銷，然而，長期戒嚴及警備總部對台灣社會造成的重大影響，除了扼殺思想言論自由、民主進程之外，更在台灣人心裡埋下「小警總」陰影。
被遺忘的…警備總部（上）台灣人生活上的白色恐怖、被遺忘的…警備總部（下）警備總部迫害人權血淚斑斑
【註十】《止痛療傷：白崇禧將軍與二二八》，白先勇、廖彥博合著，二○一四年三月十日，時報出版社。
【註十一】檔案管理局，檔號：B5018230601=0036=109.3=4010=002=002=0020
【註十二】檔案管理局，檔號：A305440000C=0040=273.4=1=0001=virtual013
【註十三】檔案管理局，檔號：A305440000C=0040=273.4=1=0001=virtual004=0014
【註十四】檔案管理局，檔號：A305440000C/0056/1571.72/4040.5
【註十五】引自《財團法人台灣民主基金會》二○○九年舉辦的「戒嚴時期白色恐怖與轉型正義」研討會論文集，張炎憲撰寫的〈導言：白色恐怖與轉型正義〉一文。
【註十六】檔案管理局，檔號：A305440000C=0069=1571=6=1=001=0382