《國家語言發展法》於 2018 年底正式三讀，第 9 條明訂「中央教育主管機關應於國民基本教育各階段，將國家語言列為部定課程」，更是讓本土語言界為之大振。今年 3 月開始，國家教育研究院開始啟動十二年國教課綱的修訂工作，目的就是為了讓本土語言列入國高中階段的部定課程，讓學生在國高中階段也能有學習母語的機會。然而，當今年 4 月國家教育研究院將十二年國教的總綱修訂草案上線後，本土語言教學的爭論卻也開始浮現。
台灣話自威權時期開始，持續被框限在中國方言視角的「閩南語」稱呼之下。雖然 2000 年國立編譯館採折衷主義以「臺灣閩南語」為名編撰官方辭典，但九年一貫課綱中卻直接去掉台灣，將其指稱為本國語文中的「閩南語」。即使《國家語言基本法》已通過，但新總綱草案卻仍保留 2014 年十二年國教課綱中的「閩南語文」稱呼，引來師大台文系助理教授劉承賢在臉書上發文批評。
劉承賢表示，台灣最大族群所使用的語言，按照「一地主要族群的語言以該地來命名」的國際慣例，就應稱為「台灣語文」，舉例來說，法國與印尼雖然有數十餘種在地語言，但仍以「法語」與「印尼語」為其最大語言命名。
針對「台語與中國閩南方言互通」的質疑，劉承賢也表示，就算兩種語言可以互通，但是命名仍屬於族群的自我權利。他舉例解釋，就算印尼語和馬來西亞語可以互相溝通，但印尼的馬來人也不會自甘縮減成「印尼馬來語」，族群自我命名的權利，應是受政府尊重的基本人權。
另一方面，劉承賢也指出「閩南語」這個稱呼「名不符實」的問題。就語言學來說，「閩南語」亦包含泉州話、漳州話、潮州話、臺灣話等不同方言，有些種類之間甚至彼此溝通困難。若新課綱此科目只欲教授臺灣話，就應該名實相符地稱作臺灣話。
此次總綱修改草案中，語文領域將「本土語文/臺灣手語/新住民語文」視為同一類，並明訂：「學生選擇閩南語文、客語文、原住民族語文、閩東語文、臺灣手語、其他由中央主管機關核定之國家語言或新住民語文其中一項學習。」也就是說，臺灣手語與新住民語，將與其他本土語言爭奪一週僅僅一節課的卑微資源。
台越文化協會理事長陳麗君，也在2017年十二年國教上路前的投書指出，將新住民語言與本土語言納入同一課程，讓新住民二代陷入只能選爸爸或媽媽的語言，是「蓄意挑起新舊族群語言傳承的競爭與對立」。
公視PNN《世界台》專欄作者周盈成也撰文指出，讓新住民子弟在台灣學校學母語，反而可能學不到父母親的腔調。東南亞國家各有不同地域與族群的方言和口音，例如越南語粗分為南、中、北腔，越南將首都Hà Nội的北腔視為標準腔，但台灣的越南媽媽卻多數為南方人，「In若tshuā學著規喙北腔的囡仔轉去南方庄跤的後頭厝，恐驚厝內閣聽無。（意譯：如果越南媽媽帶著孩子回到越南，恐怕老家的人還聽不懂孩子說的越南話）」
周盈成也表示，新課綱是刻意讓「兩個理念相衝突的課程硬擠在同一節課中」。本土語言教學意在保護語言與文化，但新住民語文教學的目的是「強化跨文化溝通與跨國行動的能力與素養」，兩種理念不衝突，課綱就不該強逼學生二選一。
陳麗君的投書亦點出另一個爭議點：十二年國教在本土語言的課綱中，台語與客語的羅馬拼音都延至小三才開始教授，有別於國、英語教學從小一就開始學習注音和ABC。
拼音文字的基礎教學被延後，是否刻意加深本土語言「無文字」的錯誤印象，導致本土語言的教育「娛樂化」？2015年，諸多台語文社團也曾聯合發表聲明就指出，羅馬字是輔助語言教學的最佳工具，應該從小一開始踏入此領域時便開始教授，明明原住民語和新住民語都是如此，若照台、客語課綱的邏輯，華語的小一階段是否也先學好聆聽和說話即可，三年級再學ㄅㄆㄇ？
新課綱預計在2022年8月上路，目前階段為總綱草案出爐，國教院亦成立了網路論壇來搜集意見，後續也會進一步深入調整各語文領域，包括本土語言的個別課綱。究竟能否如「公視台語台」的命名一般，突破閩南語的命名框架，並解決資源稀少導致本土語言與新住民語文被迫擇一的現象，與處理台、客語羅馬字教學階段的爭議，值得持續觀察。