教育部今（7）天發布新聞稿表示，聖約翰科技大學 109 學年度發生未依《教師待遇條例》規定與教師完成協議即變更學術研究加給支給數額等情事，教育部為使該校能夠改善，已於 9 月 17 日函知該校應於 10 月 5 日前補發所欠教師全薪；教育部除已於 10 月 6 日裁處該校新臺幣 10 萬元罰鍰外，並限期該校 10 月 15 日前改善。
教育部表示，聖約翰科技大學未按《教師待遇條例》與教師完成協議，並在教育部給予一定改善期限後，如仍有積欠教師薪資之情事，以致影響教師權益，教育部將本於監督之責，依《教育部輔導私立大專校院改善及停辦實施原則》第3點規定，認列該校為專案輔導學校，並組成專案小組以加強輔導該校校務運作，同時改善該校本次因薪資待遇所衍生之爭議，完善教師待遇相關機制。
臺灣高等教育產業工會發出聲明表示，欠薪千萬三個月，只開罰十萬，根本比法定利息還少（以年利率 5% 推算，欠萬欠款 3 個月，利息就已達 12.5 萬）。就是教育部每 10 日連續開罰 50 萬，一年也只罰 1800 萬，聖約翰目前有校產 20 億，現金達 3 億，根本「不怕罰」。
高教工會指出，直到今日為止，聖約翰的老師們仍正常在教學研究崗位上，儘管無薪，卻沒少上任何一門課，絲毫沒有怠慢。
高教工會表示，聖約翰教師主張，在開罰之外，教育部真正該做的是同時依照私校法第43條或54條「撤換違法校長」，以及依第25條「解除董事職務」，才能確保師生權益。有正常的經營團隊，聖約翰肯定有條件能正常辦學。否則，政府讓違法的團隊繼續掌控學校，是犧牲想正常教學與學習的師生們。
聖約翰科技大學校長黃宏斌透過學校網站表示，他上任後積極進行組織再造、人事精簡及調整教職員薪資發給…，其目的就是希望幫學校多爭取一些時間，在大家同舟共濟、攜手同行的努力下，讓同仁們持續擁有穩定的工作環境與收入。
黃宏斌進一步表示，任何的改革都會有陣痛，也會損及部分人的權益或是造成不同程度的衝擊。我能理解部分教師選擇持續抗爭，爭取權益的心情。但我還是要再次提醒：覆巢之下無完卵，不實耳語對學校造成的傷害無可磨滅。若各位老師願意與我進行協商，校長室大門永遠為大家開啟。