國家祈禱早餐會以蔡英文總統邀請民眾參加同志遊行為由，20 年來首度宣布取消早餐會，活動原訂 30 日在新店行道會美河堂舉辦，隔日 31 日為 2020 第 18 屆台灣同志遊行。
蔡英文總統日前在臉書發文邀請民眾參加 10 月 31 日同志遊行，引發第 20 屆國家祈禱早餐會籌備委員會致信表示此舉導致基督徒們十分震盪，且直接「牴觸價值核心」，並以此為由建議蔡總統不必到場，另委派政府官員出席即可。
第20屆國家祈禱早餐會籌備委員會表示，早餐會由台灣眾多教會共同籌辦近一年，並獲蔡總統允諾參與。然而獲悉蔡英文總統公開號召民眾於 10 月 31 日一同參與同志遊行活動後，教會內部出現不同的意見與討論。
然而台灣基督長老教會拒絕為該籌備會的聲明背書，決定不參加，籌備委員會不勝壓力，宣布取消國家祈禱早餐會。長老教會今日發布聲明表示，「蔡英文總統與執政團隊面對『武漢肺炎』、中國軍機擾台等危機，在防疫、國防、經濟等各方面有良好成績，台灣在國際上的支持和聲譽，更是愈加亮眼。本會與眾教會應當予以肯定，時常為國家和總統祈禱。」
總統府發言人張惇涵稍早出面回應，不樂見籌辦團體為此爭紛，總統將婉復出席，也不會另委派代表與會，仍祝福活動圓滿順利。同時也強調，《司法院釋字第七四八號解釋施行法》是基於大法官釋憲及公民投票結果，經由立法院通過的法律，並引述日前天主教宗方濟各的發言指出，「同志有權組成家庭。他們是上帝的子民，有權建立家庭。沒有人應該為此被趕出去或是變得悲慘。」