立法院會 24 日通過攸關進口含有萊克多巴胺（俗稱瘦肉精）美豬、30月齡以上美牛等9項行政命令備查，行政命令將於2021年元旦起實施。然而部分縣市地方自治條例規定萊劑零檢出，與行政命令有所牴觸。行政院長蘇貞昌昨（26日）指出，食安跟防疫一樣，中央與地方若各自為政，恐將亂了套。柯文哲表示，地方政府的因應措施會是很大問題，覺得「這件事情有點太混亂了」。
針對萊豬進口，多個縣市訂定零檢出自治條例，呈現中央和地方不同調的情況。對此台北市長柯文哲表示，中央24日才通過行政命令，所以地方政府的因應措施會是很大問題，各縣市政府都在想著如何去布達行政命令，「我覺得這件事情有點太混亂了」。同時柯文哲也指出，台北市議會已經通過萊劑零檢出自治條例，中央對此不表示 YES 還是 NO 、也不處理，是中央要面對的問題。
因應萊豬進口，新北市也在《新北市食品安全衛生管理自治條例》中增列豬肉瘦肉精零檢出的條文以及罰則，然而該萊豬相關條文修正草案，必須報行政院核定後才得以施行。對此侯友宜表示，若遭駁回，將循訴願或釋憲途徑。同時侯友宜也喊話中央，已經剩下沒幾天，拜託中央政府盡快動作，要讓民眾很清楚選擇吃或不吃，中央一定要統一標示萊豬。
針對萊豬政策，縣市地方自治條例與中央行政命令有所牴觸。行政院秘書長李孟諺今（27日）回應，將會彙整各縣市狀況，在適當時機做處理，強調全國在政策施行方面還是要一致。李孟諺指出，有的縣市的自治條例連運送萊豬經過境內都要處罰，例如貨車上載的肉品如果含有萊克多巴胺，在自治條例實施後，地方政府就能在高速公路上設攔檢點，並會處分，這會造成很大問題。
至於是否直接宣告部分縣市訂定的自治條例因牴觸中央法規應屬無效，李孟諺說，現在還在蒐集意見、做相關溝通。因直轄市的自治條例才要報到行政院，一般縣市的行政命令衛生福利部就能決定，但最後行政院會做統一處理。