針對促轉會日前審定國民黨「台灣省黨部」文件為政治檔案，並限期收歸國有，國民黨表示，「台灣省黨部」資料只是政黨的內部文件，並非促轉會所說的政治檔案。國民黨解釋，台灣省黨部資料目前委託政大代管，至今未被認定「政治檔案」，事實上文件大多為敏感度不高的內部文書，且內容均對外開放查閱。國民黨為此怒批促轉會將文件收歸國有的行為，根本是踐踏校園學術自主。
國民黨指稱內部文件敏感度不高，並批評促轉會強行收歸國有的行為是蔡政府拿國家公權力進行政治鬥爭、打壓在野黨的又一顯例。對此，促轉會表示，日前審定國民黨「台灣省黨部」檔案中，共發現一批 3177 筆的文件為政治檔案，並發現此批檔案內容與政治檔案的定義相符，促轉會審定於法有據。
促進轉型正義委員會於 8 月 4 日召開第 81 次委員會議，決議通過政黨持有政治檔案審定結果，審定中國國民黨台灣省黨部文件系列檔案，共計 3,177 筆的一批文件為政治檔案。促轉會處分書規定國民黨需於今年 9 月 30 日前，將檔案原件移歸國家發展委員會檔案管理局。
促轉會表示，本次審定之檔案為促轉會主動調查所發現之中國國民黨「臺灣省黨部」文件系列檔案，該批檔案呈現了威權統治時期，動員戡亂體制及戒嚴體制於地方層級的運作狀況，是為威權統治時期黨國體制運作的具體證據，並非如國民黨所說的「僅為國民黨內部文書」。
同時，促轉會更揭露該批檔案內容，不僅包含國民黨過去威權統治時期運作的重要資訊，更包含許多不檔得利與監控團體、人民的證據，包含：涉及二二八事件或叛亂案件、國民黨對日產之接收、接管、轉帳撥用、國民黨對政府機關之人事控制、黨公職年資併計、取得政府資源或特殊權利、占用公有不動產、透過特殊黨政關係取得公有不動產、對特定團體或個人之滲透或控制等。
促轉會表示，「台灣省黨部」檔案依照政治大學所建置的目錄，共計有 3 萬餘筆，促轉會在審定過程中，諮詢相關領域專家學者意見，就符合政治檔案時間範圍與定義的檔案加以審選，審定其中 3177 筆。
促轉會指出，「台灣省黨部」檔案並非純然的政黨內部文件，當中涉及威權統治時期黨國不分，政黨代行國家公權力、政黨不當利用國家資源的證據，例如檔案中揭露過往縣市政府重要職員的任用，包括主任秘書、民政局長及教育局長等，不僅要以黨員為優先，縣市長任命時還必須先經過國民黨縣市黨部和省黨部審核。
此外，檔案中也揭露政黨介入政府人事安排、政黨借調政府單位或公營事業人員、黨職併公職等黨國不分的狀況。另外更多的是政黨組織，例如民眾服務社如何以無償借用、占用公有建物或土地等方式，先取得公有房屋或土地的使用權，多年後再透過贈與、承租，或依使用事實取得承購的優先權，也有以圍標方式甚至低價取得公有土地的情形。因此促轉會指出，這批檔案並不僅是國民黨內部文書，更有著攸關威權統治時期黨國體制實際運作的重要資訊，審定為政治檔案，移歸檔案局供全民使用將是重要公益。
107 年 10 月，國民黨向促轉會通報 4 萬餘筆檔案，但未包含政大所保管的台灣省黨部檔案，促轉會前曾函詢國民黨及拜會政大，以瞭解黨史資料搬遷情形，惟雙方均表示，標的尚未確認，亦無具體期程規劃。然而在此之後，促轉會發現，國民黨將未通報之「台灣省黨部檔案」自行移至政大，並由政大進行檔案數位化及編目作業。促轉會表示，經初步調查後發現該批檔案當中包括二二八事件、叛亂案件、政黨與政府間人事相互調用紀錄、政黨接收日產清冊、黨產等重要且未曾公開的檔案。
促轉會於 107 年發現國民黨擬與政大簽署合作協議，委託政大管理黨史資料。後促轉會再調查發現該批黨史資料包括國民黨「臺灣省黨部」文件系列檔案，但國民黨歷次通報檔案中均未包含此批檔案，更自行將該批檔案搬移至政大存放。促轉會於 109 年掌握該批檔案動向後，即再次函請國民黨依法通報所持有之政治檔案，但國民黨仍主張「無其餘檔案可通報」。
嗣後，促轉會得知該批檔案有再行搬遷之規劃，且根據國民黨與政大之協議內容，國民黨仍可隨時取回檔案，而促轉會數次與政大進行溝通，政大皆表示無法確保該批檔案於審定完成前不會搬移或毀損滅失，亦不願配合促轉會依法行使調查權，促轉會乃於 109 年 9 月封存該批檔案，以確保審定作業之進行。
國民黨考紀會主委葉慶元表示，政大原則上要經過國民黨同意才能讓促轉會處理，且這些檔案還沒完全數位化，數位化結束後還要進行與原文件的對比。國民黨要求檔案全部數位化後，以數位檔去查詢哪一部分是促轉會需要的政治檔案，而不是將全部檔案全部拿走。
然而，促轉會表示，本次被審定的檔案，政大早已完成數位化，國民黨所言「尚未數位化」並非屬實。台灣省黨部檔案依照政治大學所建置的目錄，共計有三萬餘筆，促轉會在審定過程中，諮詢相關領域專家學者之意見，就符合政治檔案時間範圍與定義之檔案加以審選，審定其中 3177 筆。
促轉會附上圖片，指出國民黨與政大所簽訂的協議，國民黨檔案的分類（就檔案內容區分一般與限制閱覽）、申請者身份（政大教職員有所優待）、使用方式（可否抄錄複製）與准駁，都操之於國民黨與政大之手。為此，促轉會指出，至於國民黨所稱促轉會建議「由政大全面開放予各界使用」，是促轉會於去年11月間經與政大協調後，取得已完成數位化作業之電子檔並開始進行審定，考量政大已完成大部分檔案的數位化作業，且審定尚須作業時間，促轉會基於促進檔案開放立場，行文提醒國民黨審定作業期間，仍得授權政大將電子檔全面開放予各界使用。