立法院會今（12）日邀請行政院長蘇貞昌率各部會官員進行施政總質詢，台灣民眾黨立委高虹安今指出，簡訊實聯制一天花了我們 200 萬元，9 月機師案發生，指揮中心卻直接走「細胞簡訊」，而非使用「實聯制系統」，匡列 110 萬人真的太多。高虹安也質疑，未來若簡訊實聯制費用用罄政府該如何因應。對此，國家通訊傳播委員會主委陳耀祥表示，希望電信業者共體時艱，撐到最後。中央流行疫情指揮中心副指揮官陳宗彥也回應，實聯制是基於疫調所需，讓第一線人員快速了解接觸者或確診者足跡，未來也會持續支付相關費用。
高虹安於立法院會今（12）日施政總質詢指出，9 月收到 110 萬機師的細胞簡訊時很驚訝，當時都有填寫簡訊實聯制，按理要知道什麼時間、去了哪裡跟確診者有接觸，卻發現中央沒人調用自己的資料。高虹安質疑，指揮中心直接走「細胞簡訊」，而捨棄了「實聯制系統」，匡列 110 萬人真的太多，只為了 3 個機師，全台灣 2350 萬人口就匡了 110 萬，不合理。痛批簡訊實聯制一天花了我們 200 萬元，最後竟然得到這樣的結果。
然而，有網友指出「確診一個人的話，搞不好花的都不只 210 萬」、「我記得去年的記者會有提到治療一個確診者要 300 萬以上」。過去中國醫藥大學附設醫院感染管制中心副院長黃高彬曾經指出，不包括醫護人員耗費的口罩、防護衣等資源， 1 例確診者的住院治療費用高達 200 萬。陳時中之前也曾指出，估計一個武漢肺炎確診病例的社會成本是 210 萬。可見高虹安僅認為 210 萬昂貴，卻未考量若因疫調不完善，出現確診者後需額外負擔的費用更是鉅額。
高虹安在本次質詢中亦指出，立法院之前審查紓困振興第三次追加預算，編列了 3 億元簡訊實聯制預算，以每則簡訊新台幣 0.1 元計算，預計可發 30 億則簡訊。然而，目前簡訊實聯制已用了近 23 億則，快接近 30 億則數量，目前全台灣民眾每天發出的簡訊約 1500 萬到 2000 萬則，未來若簡訊實聯制費用用罄，政府將如何因應？
對此，國家通訊傳播委員會（NCC）主委陳耀祥備詢回應，政府會撙節支出，會和電信業者協調，希望共體時艱。同時，陳耀祥也說明，簡訊實聯制費用並非以每則 0.1 元計價，實聯制成本費用為級距式，希望可以用 3 億元維持到最後。
簡訊實聯制新台幣 3 億元的經費快用罄，NCC 主委陳耀祥盼電信業者共體時艱，電信協會也對此表示，他們在各項防疫「無役不予」，實聯制價格「不只不計算成本，根本是公益價」。
台灣電信產業發展協會副秘書長劉莉秋指出，現在統包價格應已遠遠降到 0.1 元以下，電信業者非常共體時艱。她補充，電信是關鍵基礎設施，手機在台灣的滲透率達到 100%，與國家安全息息相關，政府單位也很自然把電信業者視為行政團隊的一員。劉莉秋表示，電信業者體認到使命，過去兩年多來配合國內大小防疫措施，可以說是「無役不予」，但其實大家都忘了「電信業者其實也是民間企業」，在防疫的貢獻上，不亞於捐贈疫苗的鴻海、台積電等，卻未得過掌聲。
關於簡訊實聯制未來若經費用罄，劉莉秋坦言，主管機關追加預算的可能性應為零，但對於有人意識到電信業者是不計成本付出，她對此覺得很感恩。
因應本土疫情，行政院自 5 月 19 日以來推出簡訊實聯制，並編列 3 億元預算，目前已快用罄。近來本土疫情趨緩，被問及未來是否改採收費制，或者降級後就不再使用？中央流行疫情指揮中心副指揮官陳宗彥今也對此回應，實聯制是基於疫調所需，讓第一線人員快速了解接觸者或確診者足跡，未來也會持續支付相關費用。
針對簡訊實聯制預算將用罄，Yahoo 新聞開啟投票區詢問網友意見。雙方網友意見對立，反對的民眾表示，疫調匡列根本就用不上，暫時先沒必要，待破口出現再立刻強制執行，否則在沒有疫情危機情況下，一個人一天就逛好幾個地方，會浪費公帑。而支持繼續採用的民眾則表示，國內目前仍有潛在染疫風險，不能輕忽，若一大意就回不去了。也有民眾表示，建議政府在疫苗兩劑施打率超過 7 成再考慮廢除此制度。