隨著疫苗進口後，施打「何種」疫苗也成為重要議題，目前，台灣擁有的疫苗種類為 AZ 和莫德納，台灣目前最多人施打的是 AZ 疫苗，然而在施打疫苗中，陸續出現打完 AZ 疫苗後而死亡的案例，雖然被調查死因幾乎與疫苗無因果關係，不過，也是因為這樣的消息傳出，使民眾人心慌慌，許多人因此不敢施打 AZ 疫苗；只是，被人看好的莫德納疫苗卻也在國外傳出施打後而死亡的個案，使國人也在思考究竟要打何種疫苗。
在疫情尚未爆發時，國人施打疫苗有些產生不良反應，國民黨有些政治人物趁機大作文章，不斷在媒體上帶風向說 AZ 疫苗不好，甚至有些還說要進口中國疫苗，使得一開始台灣接種比例相當低；在疫情爆發後，卻被爆出之前說 AZ 疫苗不好的一些國民黨政治人物已經施打疫苗，前國民黨立委丁守中更是於昨（23）日承認自己有打過疫苗，民進黨立委王定宇今（24）日則對此認為：「丁守中是典型的中國國民黨人風格…要求台灣開放中國疫苗，還願意帶頭打中國疫苗！結果…自己偷偷先打AZ疫苗。」並提到國民黨的政治人物，從黃昭順、張榮味、連戰、丁守中到賴士葆都已經打過疫苗。
事實上，在國人開始接種疫苗，產生許多不良反應甚至施打疫苗後死亡，指揮中心 17 日就強調：「疫苗接種是預防 COVID-19 感染、避免重症與死亡最有效的方式。」即是政府鼓勵國人施打疫苗保護身體。
近日，因日本贈送疫苗給台灣，有人說是日本不要才給台灣，但在莫德納疫苗施打後出現不良反應甚至施打後死亡的案例後，國人也開始在思考是否要施打莫德納疫苗。駐日大使謝長廷今也表示，疑似副作用死亡的例子，三種疫苗都一樣，比例也差不多，不必隨著誇大報導和傳言，憂心不已。謝長廷強調，他常告訴不知所措的朋友或同仁，憂慮煩惱會降低免疫力，你能打得到的就是最好的疫苗，抱著感恩喜悅的心情，睡飽不空腹喝點水去打，免疫力提高，結果一定會有好的保護力。