台獨聯盟主席陳南天昨（22）日在臉書上貼出台北市長柯文哲偕同王燕軍拜訪台灣國家聯盟的會後合照，表示柯文哲通知國家聯盟，前總統馬英九將出席 2 月 28 日在 228 紀念公園舉行的追思紀念會。陳南天嚴詞批評，對柯文哲這樣的牆頭草有過敏症，所以他不參加國家聯盟該次會議。今（23）日，陳南天再重砲抨擊柯文哲是無人格者，至少應先向陳菊道歉，才有可能與台派獨派坐下來談。
陳南天在接受《報呱》專訪時直言，柯文哲平日的言行舉止都與獨派人士完全不同，也沒有共同的理念，如果他表達欲來台獨聯盟拜訪的意思，「我會叫他不用來，你說的話我不想聽！你講的話完全無法信任。」「柯文哲來傳達馬英九會出席二二八紀念活動不但不能將他視為藍綠橋樑，更無法與台派交心。柯文哲是一個葷素不忌、亟欲藍綠通吃的掠奪者，他沒有資格、也沒有能力成為藍綠溝通橋樑。能做橋樑的人必須要外界能夠看得起、值得信任。」
世界台灣同鄉聯合會暨世界台灣人大會前秘書長王康厚聞言表示：「獨派與柯文哲是道不同，不相為謀！」
陳南天話鋒一轉談到日前民眾黨的楊寶楨和黃瀞瑩在臉書上以「身型、體重」訕笑監察院長陳菊一事，他嚴詞表示，過去柯文哲也多次嘲諷陳菊，像這種人的言論理應沒有必要報導、也沒有必要談論。但是因為柯文哲是民眾黨主席，也還有媒體聲量，因此他應該針對黨內這些沒有家教禮數、甚至沒有歷史感年輕人的魯莽發言來出面道歉，以及代表民眾黨全體向陳菊鄭重道歉。這樣只是盡了基本的禮數，而不是以「外界批評都是大人欺負小孩子」這種態度來回應。
去（2021）年台北市政府主辦的二二八紀念活動，邀請前總統馬英九到場致詞，引發原為協辦單位的台灣國家聯盟不滿宣布退出。當時台北市副市長蔡炳坤還曾帶著文化局長蔡政雄，到台灣國家聯盟疏通，但還是碰了釘子，台灣國家聯盟痛批柯文哲，整天只想著個人政黨利益，堅持邀請馬英九致詞是權力的傲慢。陳南天主席當時亦表示，若是台灣國家聯盟接受讓馬英九上台致詞，那麼他就會退出台灣國家聯盟。
本土社團和獨派團體無法接受從未譴責過加害者蔣介石的馬英九，更不能接受沒有向台灣人民道歉、反省的中國國民黨，列席二二八紀念活動。而與早期自稱深綠但與藍營愈走愈近的柯文哲及民眾黨合作，是否會成為台派團體間一個不小的爭議？值得後續觀察。