太陽花學運中，群眾於行政院靜坐抗議，卻遭到執法人員暴力驅離，致使有數十位民眾受到程度不同的輕重傷，包含前立委周倪安、民眾陶漢等 30 多人向台北地方法院提起國家賠償訴訟，台北地院作出宣判，台北巿警局應賠 10 組人員共計新台幣 110 萬餘元。
然而，作為被告機關的台北市政府決定提起上訴，柯文哲市長受訪（27）時表示：「整個卷宗讀完之後，沒有直接的證據顯示，這些人受傷是因為警察施暴直接造成的，如果是這樣的話，就沒有理由不上訴。」
針對柯文哲市長及市府決定針對此案上訴，市議員苗博雅也在臉書上表示，自己與柯文哲市長都是因為太陽花運動才有幸獲得人民託付，如果沒有318佔領立院喚起人民的民主人權法治意識，如果沒有323抗爭改寫臺灣的歷史，今天臺灣政壇不會有苗博雅，也不會有柯文哲。
台北市政府警察局是國賠訴訟的被告機關。如果覺得法院判錯了，當然有上訴的權利。但如果要上訴，就把理由攤開來一條一條講清楚，清楚指出法院哪裡判錯了。如果上訴理由是「沒拍到我打你那一秒，所以不管有再多情況證據、間接證據可證實傷勢是我造成，我都不願賠償」，那這樣只是浪費人民的納稅錢。
苗博雅進一步指出，政府在執行公務過程中，若有違法、有錯誤，承認錯誤並不是丟臉的事，在判決中法官指出警察可以執法，只是必須要在合法的範圍內執法，超過合法的範圍，執法者會變成違法者，而國家賠償的責任，就是國家因為放縱違法所必須付出的代價。
最後，苗博雅表示，就連最極端保守的郝龍斌，都懂得在 2008 年圓山事件的警察暴力國賠案放棄上訴，認錯賠償，受暴力侵害的人民，並未對個別施暴的員警提告，只是提出國家賠償訴訟，已經是最卑微的請求，難道，柯文哲的進步城市，比郝龍斌都不如嗎？