武漢肺炎疫情爆發後，不少台商表達想回台灣，但是為了避免形成防疫漏洞，對於回台名單，台灣一直堅持落實：弱勢優先、落實檢疫，可是中國方面一再拒絕配合，卻又指責民進黨政府罔顧人權，為了自身政治利益才搞手段阻止台商返台。對次，疾管署也發聲明稿反擊表示，對於中國方面為何如此堅持己見感到遺憾。
疾管署在臉書貼文表示，雙方洽談第一次航機運輸任務時，我方即表達以載運弱勢者為優先，並派遣醫護及檢疫人員，做好登機前及航程中之防檢疫部署，並給予旅客充分醫療照顧。為達成以上目標，我方明確表示希望派遣華航班機協助運輸。
但是中方堅持由東方航空執行運輸，並一再保證會做好相關防檢疫措施、弱勢優先安排等，我方才勉強同意。不過，首班包機返台航班上卻出現發燒個案，機上未安排專業醫療人員，旅客名單亦不符合弱勢優先原則，在台灣內部造成相當爭議。
指揮中心表示，經過檢討，考量中方目前防疫事務繁重，相關人力、物力緊張，本於互助及防疫第一立場，我方除堅持運輸民眾返台相關處理原則外，也提供 121 名急需返台國人名單，並明確表示應由我方派遣華航班機執行任務。
為此，華航早已做好相關規劃，指揮中心也規劃一組 12 位防疫醫護人員同行，以確保登機、飛航期間之防疫與人員照料工作得以嚴謹周全，隨時可以執行任務。
這些做法都是為了確保國人健康，然而中國方面一直以各種理由拖延，拒絕合作，中央流行疫情指揮中心表示強烈遺憾，並宣示一定會堅守弱勢優先、防疫優先的目標，確保國人健康。