台北市議員苗博雅的臉書指出，台北市的防疫旅館從 2 月 21 日上路至今，已近半個月，2 家旅館共 22 位居家檢疫旅客入住，經過苗博雅追查後發現，SOP 卻還只是不能對外公布的「半成品」，至今柯市府根本沒有一套完整的防疫 SOP。
苗博雅說柯市府把新聞做得天花亂墜，好像防疫旅館多麼萬全準備才上路，一追查，才發現至今連一套正式的 SOP 都沒有。
他進一步表示，台北市防疫旅館仍接待一般旅客入住，且未強制區隔不同樓層，管理難度和風險，高於一般單純的自宅居家檢疫。況且，旅館不是醫院，工作人員都沒有受過傳染病防治的專業訓練，非常需要政府提供專業防疫標準作業程序供旅館業者遵循。
但經過苗博雅追查後才發現，台北市防疫旅館弄個會勘就匆匆上路，過了半個月，新聞做了一堆歌功頌德，但實際上各類 SOP 都還在編寫中。甚至觀傳局還說，要等三月中才會定稿提供給業者，不過三月中已經接近清明節返台旺季（若清明節要掃墓，最晚 3 月 20 就要從中港澳返台），檢疫旅客可能激增，三月中才定稿發布，簡直太離譜。在苗博雅的要求下，承辦人答應會盡快完成該手冊。
柯文哲自詡出身醫師，日前還嗆自己來當疫情指揮官：「不會比陳時中差！」沒想到，整體防疫戰略中的一個環節：「防疫旅館」就做的丟三落四，這種水準真能不比陳時中差？更不要說柯文哲自上任以來最愛把 SOP 掛在嘴上，如今卻連防疫旅館的 SOP 都難產，看來柯市府沒有防疫、只剩吹噓。