針對日（18）前發生海軍敦睦艦隊發生確診案例，蔡英文總統表示，敦睦艦隊的事件，攸關國內的疫情控管，及國人對國軍的信任，「誠實以對是我對國防部下達的最高原則」，要求國防部必須全面配合中央流行疫情指揮中心疫調，更要在最短時間內完成內部調查，公開向社會完整說明，才能讓國人釋疑。
蔡英文總統在臉書貼文表示，國防部務必配合中央流行疫情指揮中心疫調，更要在最短時間內完成內部調查，在執行任務的前、中、後是否有所疏失，該檢討的就檢討，該咎責的也不能迴避，公開向社會完整說明，才能讓國人釋疑。
總統也說，這次敦睦艦隊是執行戰訓任務，參與任務的官兵都已經集中檢疫，不論確診與否、症狀為何，國家有責任給予最好的照顧。請國軍弟兄姊妹不要擔心，也請各位配合疫調與檢疫措施，共同守護我們的家園。
總統也再次強調，防疫期間，國軍弟兄姊妹投入多項防疫工作，為了因應區域情勢的變化，更是隨時待命、保家衛國。這些得來不易的成果，不容許遭到破壞，我們共同的敵人是病毒，不是彼此。
國防部也強調，將編成專案調查小組，由軍政副部長任組長，納編總督察長室、軍醫局、政戰局、法律司及海軍相關部門，配合「中央流行疫情指揮中心」，秉「公開、透明、信任、專業」的最高原則，釐清敦睦支隊任務執行全程各項防疫作為，誠實面對，絕不隱瞞。
磐石艦除了具備油彈補給能力之外，艦上設有野戰醫院設備，包含診療室、手術室、病房，甚至還配有負壓隔離病房，能夠在艦艇上進行手術，醫療設備十分完善，讓磐石艦除了擔任油彈補給任務之外，也可以執行人道救援任務，是國內具備唯一野戰與醫療能力的艦艇。
具有醫療能力的艦艇，卻在敦睦遠訓的過程中感染武漢肺炎病毒，雖然中央疫情流行指揮中心指揮官陳時中表示，患者都「活跳跳」，身體都非常健康，但是大家擔心的不只是感染的官兵在休假期間，因為四處活動而造成病毒傳染，更在意的是國軍後續的處理是否公開透明，是否能夠重新檢討指揮與防疫系統，讓國軍的戰力可以維持不減？