促轉會依促轉條例主動調查政黨持有政治檔案，最新掌握國民黨持有海外工作會、文化工作會、社會工作會、大陸工作會等單位的檔案至少數千筆，卻沒有通報。促轉會表示，請國民黨儘速通報，否則將依法開罰。
根據促轉會取得的檔案目錄發現，中國國民黨未通報的檔案，其中包括幾大類型：
一、重大案件：
如陳文成命案；警總清音小組各次會議紀錄 （含陳文成事件討論案）；對匪鬥爭專卷－鄭自才、黃文雄在美謀刺案。
二、有關特定人士的檔案：
如台獨份子專卷（含彭明敏、黃文雄）；對匪鬥爭專卷-台獨相關（含彭明敏案）；日本各小組會議紀錄及報告（含李鴻禧言論案）。
三、有關海外台獨人士及留學生情報的檔案：
如海外台獨人士情報；留學生專卷（美、加、歐、日）；打擊台獨份子活動專卷。
四、有關入出境返國的檔案：
如涉嫌台獨份子申請探親案；涉嫌台獨、左傾份子申請家屬出國案；列管禁止入境個人資料；體育、演藝團體出國審查會議紀錄。
此外，還包含國民黨於威權統治時期對各產業、農漁業、宗教、社運、通訊與航運等各層面進行社會控制的檔案，以及參與政府情治機關運作書刊查禁、影視審查與媒體控制的相關檔案。
促轉會成立後即依促轉條例，積極調查相關政黨持有政治檔案情形，並要求通報。2018 年 10 月，國民黨向促轉會通報之四萬多筆檔案多屬已公開者，後經促轉會審定為政治檔案者約四千餘筆。促轉會後續調查發現，國民黨疑似有未通報的情形，在 2020 年 7 月函請國民黨補正通報，國民黨函復「並無其餘檔案可通報」。
今（2021）年 1 月，促轉會再次函請國民黨補正通報各工作會的檔案，但國民黨再度函復「並無其餘檔案可通報」。促轉會於前述所列舉之檔案僅為冰山一角，卻顯示國民黨黨務組織如何參與政府運作，透過在海外與國內進行情報蒐集與控制，以確保威權統治與戒嚴體制的穩固，相關檔案屬於政黨持有且應向促轉會通報之政治檔案。
針對國民黨通報不實，涉及違反促轉條例第 16 條第 1 項之情形，促轉會將依同條第 6 項及「違反促進轉型正義條例規定裁罰基準」處以罰鍰。促轉會已於 12 日函請國民黨陳述意見，亦再次提醒國民黨相關規定，如對政治檔案以毀棄、損壞、隱匿之方式或致令不堪用者，依促轉條例第 19 條將負有刑責，並呼籲國民黨應儘速通報檔案。