2021 年台北上海雙城論壇在 12 月 1 日舉辦，過程引起三大爭議，首先是黃珊珊疑似因為說過「台灣是獨立自由的國家」而未能出席論壇；再者，林穎孟議員曾要求柯文哲要當面向上海市長抗議共機擾台，柯文哲已經承諾但卻食言，拒絕替台灣的國家安全發聲；最後，台北上海簽訂 MOU（合作備忘錄），其中涉及科技創新合作，但台北市府浮濫搜集市民個資，還蓋了沒有法律依據的大數據中心，讓人擔憂會不會讓中共掌握台北市民的個資？
2021 年台北上海雙城論壇在 12 月 1 日舉辦，但是爭議不斷。首先是台北市副市長黃珊珊並未出席雙城論壇，有媒體質疑，是不是因為黃珊珊曾經在個人臉書上表態：「台灣是獨立自主的國家」，所以惹得上海市長不高興，才拒絕黃珊珊出席論壇？
台北市長柯文哲回應，今年為了防疫縮小規模，因場地人數的限制，所以雙方講好要對等，對方派出一位副市長、一位秘書長，台北市政府也派出一位副市長、一位秘書長，這也不要覺得太奇怪，市府三位副市長也只有一位出席而已。但這樣的說法，仍然沒有正面回應，為什麼黃珊珊不出席本次雙城論壇。
另外，台北市議員林穎孟曾經要求柯文哲市長，必須要在雙城論壇中，當面向上海市長抗議共機不斷擾台，柯文哲市長也承諾會表達意見，但是在雙城論壇中，柯文哲毫無提及共機擾台的問題，面對中共不斷的軍事壓迫，他也只是不斷重複「五個互相」。
林穎孟議員表示，柯文哲市長只重新強調五個互相，但請問柯市長，中國明知台灣不喜歡被中國併吞，他們今日的發言有互相嗎？有認識和理解台灣人的想法嗎？柯市長說，自己處理兩岸關係是務實，但假裝沒看到台灣被吃豆腐，這是鴕鳥還是務實？柯市長說台灣會友善聆聽中國的聲音，但請問，中國有友善聆聽台灣不想被侵犯的聲音嗎？林穎孟認為，柯文哲對於台灣被中國不斷恐嚇威迫視而不見，舉辦雙城論壇假裝歌舞昇平，這叫做鴕鳥心態。
在本次雙城論壇中，台北上海簽訂了三項 MOU，其中有一項涉及「新創產業與大數據」的合作，讓人不免擔憂，台北市府搜集的個人資料，是不是會被中國政府掌握？
這樣的質疑並非空穴來風，因為台北市府從去（2020）年開始，斥資千萬興建大數據中心，整個辦公室達 183 坪，但立刻遭到外界質疑，難道柯市府打算利用公務之便，搜集市民個資來販賣嗎？而且這類個人資料的搜集與利用，根本沒有法源依據，台北市府蓋的大數據中心宛如黑機關。
但柯文哲當時的回應居然是，坦承大數據中心的確是「走在國家法律之前」，但目前還沒有啟用，也不會做壞事，不會把個資拿去販賣，如果要商用也會去個資化。
但是，柯市府的行為嚴重違背法治國原則中的「依法行政原則」，柯文哲卻硬凹成「走在國家法律之前」，如今又與上海簽訂備忘錄要合作「大數據」，這種視「法治如無物」的態度，讓人難以放心。柯文哲既不敢替台灣的國家安全向中共抗議，難道又打算替中共打開台灣後門嗎？