健保資料庫的隱私權爭議即將在 4 月 26 日進行憲法法庭辯論。台權會等公民團體認為，民眾使用健保就醫，個人醫療資訊均被健保資料庫記錄，並提供給學術界作為研究使用。卻不允許個人基於意願，退出健保資料庫，有害個人隱私。但醫療學術界指出，資料庫已經去識別化，申請使用資料的程序嚴謹，如果阻斷學術使用，有害全體公益。
台灣的健保制度保障了所有台灣人民的就醫權利，並且在就醫的過程中，蒐集患者的醫療資訊，統整為健保資料庫。健保資料庫的資料完整度獨步全球，學術界即可使用該資料庫進行學術研究，推動台灣的科學與醫療的發展。
然而，台灣人權促進會等公民團體指出，醫療個資在未經當事人同意的情況下，被衛福部提供給學術研究使用。當少部份人民希望能退出研究，又遭到拒絕。此舉形同剝奪公民對醫療資料的事前同意與事後控制，有如強制全民需無條件貢獻資料供目的外利用，才能使用健保。
台權會還說，他們並不是反對學術研究，只是健保資料庫中的個資，仍然具備「連結可能性」，只要與衛福部所保有的其他資料串連，仍可能知道這筆資料背後的公民是誰。而且，台權會強調，他們主張讓公民選擇自己可否退出資料庫的使用，並不是主張阻斷學術界往後使用健保資料庫。
台權會表示，全民健康保險的精神本於社會正義，不應強制全民參與研究，也不應對退出研究的個體施行差別待遇。這次釋憲案，最重要的是健全「資料目的外利用之規範」與劃設「公共利益認定範圍」。現行個資法不足以維護資訊隱私，健保資料庫是個資法問題映射出的例子之一，而非唯一。作為長期關心民主人權的公民團體，盼各界一同深入理解健保資料庫釋憲案。
健保資料庫的釋憲案，引發醫療學術界的擔憂。民進黨立委林靜儀與專家學者，於 4 月 19 日召開記者會表達意見。林靜儀說，參加全民健保不是只有「個人權利」的面向，還存在「群體健康」的義務。醫療進步在於每個人提供的資訊作為公眾利益，透過分析、整理、比對數據，造福台灣、全球醫療重大進步。
林靜儀指出，健保資料庫對生醫防疫和基礎研發貢獻巨大，過去台灣有許多利用資料庫進行的重大政策和研究發現。資料庫的使用攸關台灣民眾的健康，阻斷醫療學術界使用資料庫，將對於健康政策形塑、醫療發展有深遠影響。
陽明交通大學科技法律學院院長陳鋕雄指出，健保資料是申請健保給付所產生的資料，這是社會互助的結果。民眾在接受健保服務時，不僅是服藥或照 X 光，而是希望「診斷是正確的」，而這正是健保成立、健保資料分享的宗旨。陳鋕雄也說，研究過程中「看不見個資、只能看到統計資料」，且需要經過專人審查、三天之後才會收到，避免研究者「透過串接再識別的風險」，「個資從頭到尾都沒有離開衛福部」。
台灣公共衛生學會理事長陳保中指出，台灣健保資料有全球唯一的中醫藥資料，對台灣民眾、全球民眾都有重要貢獻，過去包括癌症、慢性病、糖尿病與憂鬱症間的雙向關係、疫苗研究等，實績顯著。陳保中強調「資料是救命」，在保障個人隱私之外，是公眾利益，「這樣全球數一數二的資料庫，真的要放棄嗎」？
憲法法庭宣布將於 2022 年 4 月 26 日針對健保資料庫釋憲案，進行公開言詞辯論，依據憲法訴訟法第 26 條 2 項，言詞辯論終結後，原則上三個月內將公布裁判結果。