海外台獨運動的起源地是在日本，從一九五○年起，旅日台獨組織與中國國民黨政權之間展開長達近三十年的鬥爭，國民黨政權利用各種政治手段與外交途徑，對旅日台獨組織無所不用其極地進行打擊，在前期曾獲得某些成績，但是，自從組織嚴密、具有實力的《台灣青年會》（以下簡稱《台青會》）成立後，國民黨政權的滲透、分化伎倆受到了嚴重挫折，只能使用齷齪的政治手段進行有形無形迫害。
所謂的成績，是指一九五○年至一九六五年間，國民黨政權透過綿密的滲透、分化、策反及政治脅迫，使廖文毅系統的獨立黨及《台灣共和國臨時政府》分崩離析，最終在台灣逮捕其多位核心幹部及親友而迫使廖文毅返台投降，其他幾個組織比較鬆散的台獨團體也遭到深層滲透。唯一讓國民黨政權嚐到敗績的是：滲透在《台青會》（前身是《台灣青年社》——以下簡稱《台青社》）的國民黨奸細陳純真遭該會破獲【註一】。
曾任《台青會》委員長的《台灣獨立建國聯盟》故主席黃昭堂說：廖文毅系統「台灣民主獨立黨」成立時，「國民黨外來政權就有危機感，想盡辦法加以滲透破壞。國民黨有國共鬥爭的經驗，這些台灣人只有被壓迫的經驗，組織能力顯然有限。」《台灣共和國臨時政府》成立後，「國民黨的做法是在台灣島內大肆逮捕可疑人物，無理迫害海外台獨的家族，又杜絕其財源，海外台獨面臨人、財短缺的困境。此時，國民黨特務要滲透台獨陣營幾乎不困難。」【註二】深知這些弱點的《台青會》，此後在人才、組織、財源結構等方面都非常嚴謹地強化。
此外，國民黨政權當時與日本仍有外交關係，它對在日台獨運動的鬥爭率多利用外交手段進行，它又一再以同盟國身分試圖對盟總的麥克阿瑟將軍施壓；如一九四九年十月，當年一月宣布自總統職位引退的蔣介石，以國民黨總裁的身分由「總裁辦公室」發代電指示：「關於台灣獨立聯盟在日公開活動，要求外交部知照麥帥」【註三】，國府駐日代表團確實曾備函盟總要求取締，不過，電文提到的「台灣獨立聯盟」則是嚴重錯誤，其實它所要指涉的只是在日台僑團體的活動而已。
隔年一月該團體又公開向美國駐日大使致函，要求美國停止對國府軍的援助，反對台灣戰場化。國民黨政權駐日代表團後來取得公開函文，才知該團體是「旅日台灣省民和平促進會」，成員包括李延禧、劉明電等人【註四】，跟台獨組織完全無關。當時，國民黨政權在日工作重點是防止「在日僑民發表反對祖國言論」，以及「旅日台省僑胞政治活動情形及共匪在日活動」【註五】，卻將親共的僑胞團體誤為「台灣獨立聯盟」，顯現了國民黨政權處於國共鬥爭及情資匱乏下的杯弓蛇影。
《台灣共和國臨時政府》瓦解之前，其實，一九六○年成立的《台青社》早就成為國民黨政權亟欲打擊的重要對象，因為它吸收的是年輕的台籍留日學生，其影響力之廣、活動力之強更甚於以早期台僑為主的廖文毅系統等組織，所以，國民黨政權是以變本加厲的手段進行鬥爭。
國民黨政權的調查局早於一九五○年就在日本設立「日本工作組」（一九六八年後，國家安全局也設置了「東京督導組」），起初是從事華僑圈內的匪情蒐集，等到台獨組織出現後，才兼顧滲透、調查台獨組織及台僑群體，因調查員俱為中國省籍，工作成效有限，雖然曾派原為調查局運用員身分的彰化籍陳祖培加入工作組【註六】，但仍難從《台青社》獲得情資，直到一九六一年才有自動請纓的陳純真成功滲入該社成為奸細。
在此同時，國民黨政權決定強化「留日學生獎學金暨委託專題研究計劃」，增撥經費授權駐日大使館會同駐日機構審核獎學金的發放及委託專題研究的對象，藉此攏絡留日台籍學生。另外，並在國民黨中央委員會設置「應正本專案小組」，研究日本地區留學生概況，通過〈日本地區留學生今後輔導工作實施方案〉，收緊留日台籍學生的審核與管控。後來，國安局也成立「永靖會議」，研議對付台獨分子的手段。
創辦《台青社》的王育德教授最早遭國民黨政權整肅，他的護照經過兩次延期後，到一九六○年十月十六日必須再申請延期，卻被一再刁難，國安局直接主導審查，先扣住他的護照長達兩個月，他決定不再跟國民黨政權周旋，便在該會機關誌《台灣青年》第五號刊出〈被繳銷護照記〉的文章，駐日大使館上呈的報告中明指他「作惡意渲染，似已無法再予感化爭取」。
國安局和外交部商議後，於一九六一年一月裁決正式註銷他的護照；外交部同年三月並強調：「應於吊銷護照後徹底予以打擊，務期杜絕後患。」【註七】結果，此舉不但對王育德毫無威懾效果，反而激發了《台青社》的戰鬥力，一九六三年即擴大組織為《台青會》，並強化《台灣青年》機關誌的發行。
一九五九年十二月獲得日本文部省獎學金，同年十二月十九日即前往東京留學的許世楷，在早稻田大學攻讀碩士課程時即加入《台青社》，那是他抵達日本的第二個月。他一直擔任核心幹部的中央委員及執行委員，一九六二年四月進入東京大學大學院社會研究科修習博士課程，九月他進而聯合留日台籍學生挑戰以「中國」為名的留日學生會，帶動台籍留學生在日本各大學插旗學生會，以及組織「台灣同鄉會」，對抗國、共早已存在於日本社會的各類組織。
這是留日台灣人對台灣或中國的認同、台灣與中國的定位，一個極具指標性轉變的肇始。因此，他、王育德和該社第一批公開成員立即成為國民黨政權的「黑名單」，國安局更於一九六四年以專案審查許世楷的護照申請延期案【註八】。
許世楷赴日留學的前後，雷震、李萬居、郭雨新、蘇東啟等人正在島內積極進行組織反對黨的運動，受了這股風潮的影響，有四十三名以台大校友為主的青年人，一九六○年六月十九日在關仔嶺召開一項祕密會議，就是史稱的「關仔嶺會議」【註九】。
這批青年如蔡同榮、羅福全、侯榮邦、林啟旭….等等大學畢業生不久都分別留學美、日，且都成為台獨運動的骨幹或領導人。另外，在那兩三年透過不同途徑前往日本留學的，還有如戴天昭、高齊榮、方仁惠、王義郎….等人【註十】，也都立即成為《台青會》的生力軍，加上更早期的黃文雄、連根藤、黃榮桔、周英明、金美齡….等人，在日本掀起一波波台獨運動的高潮。
許世楷的護照終究仍被註銷，他只能以特別居留資格繼續在日本的學業。此時，《台青會》歷經陳純真奸細事件後於一九六五年改組為《台灣青年獨立聯盟》（以下簡稱《台青聯》），正式高舉台灣獨立旗幟讓組織及活動範圍向上提升，許世楷參與的角色當然更為積極，可是，一九六八年他取得東京大學博士學位就聘於津田塾大學，在去日本入國管理局變更居留資格時，卻遭到三番兩次打回票，事後得知，原來竟是國民黨政權企圖一舉鬥垮《台青聯》的大陰謀。
陳純真奸細事件爆發時，國民黨政權原計謀要利用該事件一舉殲滅尚未改組前的《台青會》，該事件在日本法庭的訴訟結束後，涉入該事件的六位會員都獲緩刑，但國民黨政權千方百計向日本政府施壓要求將他們遣返台灣。
在這種情勢下，居留期限即將到期的許世楷，隨時可能被日本政府強制遣回台灣；幸好有日本著名的法學學者、東京大學名譽教授我妻榮的仗義奔走，運用影響力才解決他的居留問題。
但是，我妻榮教授在奔走過程中得知事情原委，竟然是國民黨政權與日本佐藤榮作內閣達成協議，將以接受被日本政府拘禁的台籍煙毒犯（一說六十餘位，一說一百五十位，不一而足且難以證實），來交換強制遣返該會六名在陳純真奸細事件中涉案的重要幹部（包括黃昭堂、廖建龍、戴天昭、許世楷、南雄、柳文卿），時隔四年後，包括許世楷、柳文卿等人仍繼續遭到追擊。
許世楷風波之前，這項「交換協議」其實就已開始祕密實施了；才會有先後發生的林啟旭、張榮魁及柳文卿等兩樁強制遣返事件時，當時國民黨政權在島內已經逮捕彭明敏教授和他的兩名學生謝聰敏、魏廷朝，搞得風聲鶴唳，國民黨政權伸向日本施壓的魔手變得更為強硬。日方對那兩樁強制遣返事件的處理方式相同，都是利用他們前往日本法務省出入國管理局品川辦事處辦理居留延期時，當場向他們出示強制遣返命令書而予以扣押。
林啟旭、張榮魁兩人是於一九六七年八月二十五日，被品川辦事處收押並即將要驅逐出境，《台青聯》八位陪同去的同志當天就在辦事處門前絕食抗議，《台青聯》還雙管齊下聯絡了四十多位日本著名作家及國會議員聲援，另向東京地方法院訴願，獲得法院下令判決之前暫緩執行驅逐，但他們兩人直到訪台的佐藤榮作首相九月九日返日時才獲釋。
柳文卿是於隔年的一九六八年三月二十六日被當場收押，這次驅逐的動作更快，決定隔天就要執行，《台青聯》無法循林、張案模式搶救，便決定抱著必死決心冒險到機場搶人。黃昭堂（化名黃有仁）事先帶了八位秘密盟員提前到機場埋伏，周英明、許世楷、戴天昭、廖建龍、南雄、戴宏逵、宋重陽（日本人，本名宗像隆幸）等人則分乘三部車，跟蹤自出入國辦事處載運柳文卿的車輛；他們到了機場直接衝進停機坪，卻隨即遭到大批押送柳文卿的刑警制伏逮捕，行動失敗後一群人等也被拘禁了三天。
搶救柳文卿事件後，時任《台青聯》委員長的辜寬敏曾委請日本國會議員水野清，向出入國管理局長中川請教真實內情，中川透露「是當局和蔣政權之間的密約」、「這項密約指的是，蔣政權始終拒絕接受日本強制遣返台灣毒梟等被羈押嫌犯，而改以搭配獨立運動分子作交換條件」。【註十一】
此項情資與我妻榮教授的說法相同而印證了整個內幕；另外一個事實也可以作為佐證，日本政府在強制遣送林、張兩人之前幾個月，國民黨政權確實開始分批接受由日本遣返的「禁僑」（台籍煙毒犯、強盜犯）。
從一九六五年五月廖文毅返台向國民黨政權投降，到一九七○年一月十五日世界性的《台灣獨立聯盟》（以下見稱《獨盟》）成立，以及《台青聯》改為《獨盟》日本本部的這段期間，《台青聯》／《獨盟》日本本部成為國民黨政權鬥爭打擊的重中之重，不過，由於實施秘密盟員制度以致加入的成員倍增，打擊越大，他們士氣越高，舉凡加強在日台籍僑胞的聯繫、示威遊行、向島內寄發宣導理念的傳單、救援島內政治受難者、支援島內民主化運動、將美國國會有關台灣政情資料印成小冊分贈日本人等等，幾乎整個組織同志全力投入。
一九七○年是政治情勢及台獨運動發展很重要的一年。世界性《獨盟》的成立，標誌台獨運動已經擴大組織化與國際化。那年，因發表「台灣自救運動宣言」遭判刑，後來獲釋改為軟禁的彭明敏，在一月成功脫出台灣；接著在四月發生更震撼的，就是蔣經國在美國紐約遇槍擊刺殺，此事件大大刺激了國民黨政權治台思考。
隔年一九七一年十月二十五日，蔣介石政權被逐出聯合國，隨之出現外交上的雪崩式斷交潮；國民黨政權統治正當性岌岌可危。
《獨盟》在此政情震盪之際，也特別加強了對島內的工作，除了島內已有秘密組織，也有多位日本人盟員以出入境的便利入境從事台獨理念宣傳。國民黨政權下令情治單位全面動員了起來，除了國安局按月召開的「永靖會議」，調查局也成立「安祥專案」，多線嚴密偵查獨盟動向。
蔣經國於一九七二年五月出任行政院長不久，就曾召集所有情治單位首長舉行圍剿台獨組織的高層會議，距離他在紐約遭刺殺正好整整兩年，先前由於他是副院長身分，是否召集過類似會議就不得而知了。不過，「永靖會議」第一二一次會議，以防制台獨組織向島內滲透為主題，通過由調查局擬訂的「防制海外偽『台獨』叛國分子向國內滲透發展之對策」【註十二】，該對策指出：
「自一九七○年一月，所謂世界性偽《台灣獨立聯盟》叛國組織成立以來，對台滲透益趨積極，….選擇具有強烈「台獨」意識（者）….秘密吸收為盟員，滲透來台工作。」、「近年來偽『台獨』叛國組織對台進行心戰活動益趨積極，利用郵寄或外交郵袋並託返國人士夾帶向國內大量投寄反動書刊、傳單等，企圖擴大影響作用，此項活動今後可能更為增加。」
有關《獨盟》對島內的工作，該對策也分析：「根據偽《台灣獨立聯盟》海外聯絡部工作綱要，所擬定對島內現階段短期目標為『建立島內據點，強化島內連繫』，而其作法：『島內組織現階段側重據點的建立，各據點只負擔單一任務，據點之組織以三人為一組，各組間沒有橫的關係，但與海外聯絡部有縱的聯繫』，由此可知偽『台獨』叛亂組織嚴密，其活動已轉入地下，因而防制工作更需積極加強。」
至於防制對策，都與國民黨政權長期控制台灣社會慣用的對策類同，其中第一項是特別針對海外台獨組織，其內容是：
「對海外叛國組織，必須物色適當台籍青年，給予相當待遇，以留學生身份設法打入，逐漸滲透其核心階層俾能運用謀略，進行分化瓦解，並發掘對台滲透路線，對於其潛台叛亂組織應針對其可能爭取之對象，運用灰色接近，深入發掘線索，對於新近返國留學生，亦應加強清查過濾，以杜絕叛國分子之滲透路線。」
台灣省警務處是防制台獨向島內發展的第一線，其執行要點包括：「（一）加強遴選吸收忠貞可靠、品學兼優警察子弟（以台籍為主）在學高中畢業學生及大專學生，賦予情報任務。（二）對現職警察人員及警察子弟（以台籍為主）出國留學時，賦予偽裝灰色，相機滲透打入海外偽亂國組織，蒐集情報，發掘線索。（三）運用現有一鄰二細胞、一里一核心之義工布建，發掘線索。（四）從嚴密考管（或運用）自首、登記、表白分子及出獄之偽台獨叛亂分子及其家屬活動中發掘線索。」【註十三】
各地警察單位以防制台獨滲透活動案為名，開始積極蒐集「涉嫌台獨份子資料」，製作「運用義工名冊」、「各分局員警子女現正就讀公私立中學高三學生名冊」、「員警子弟遴選義務工作員名冊」等等，還特別頒訂對台獨份子在台家屬訪問、爭取運用等規定，以及對吸收在校警察子弟蒐集情報工作的有關指示，更根據情資認為台獨組織要進行「武裝革命」，而三番兩次下令各警察單位「防制偽台獨滲透活動工作加強檢查管制與漁民保防工作，防範陰謀叛亂份子偷運武器入境」【註十四】。
所有被列冊的海外台獨分子，其家屬不分男女老幼均以「台獨叛亂分子家屬」列為深入偵查監管的對象，舉凡家庭狀況、平日言行、戶籍異動、社會交往情形、出入境申請、就學孩子的上學生活狀況等等，都是偵查監管的重點，各該轄警局、派出所必須按月提報調查表。
以侯榮邦為例，他的母親是一九○○年出生，不識字，有耳鳴宿疾，雙腳行動不便，平日很少外出，警局布建的「義工」許永能寫了幾年的「偵監綜合資料表」，一九八一年在「政治性人口清查建議表」中認為沒有安全顧慮，多次建議撤銷考核，但警分局審查認為仍有安全顧慮，高雄市警察局批示「續考」。
對付一位七十多歲老婦人如此，侯榮邦的兩位哥哥、四位弟弟、兩位妹妹，及兄嫂、弟媳、妹夫和姪子們，毫無例外遭到緊迫盯人般的偵監。如他的六弟在楠梓加工區電子公司服務，偶爾在同事家中打牌；五弟在藥品公司服務，對警方到公司問話，似有警覺心理，等等細節都列入偵監資料。三弟在工業公司擔任業務經理，常需出國接洽業務，必須經過層層審核，曾受拖延誤了行程。
三弟媳在國中任教，也遭到困擾。他的二兄嫂是省立師範大學體育系畢業，也在學校任教，職務異動由高雄遷往台北，警察局移送的偵監資料竟多達七十頁（分局三十八頁、總局三十二頁）。
其情其景誠如黃昭堂所述：「『台灣青年社』成立以後，成員就成為國民黨監視的對象，他們在台灣的家族、親戚、好友當然成為威脅壓迫的對象。成員與在台家族幾乎斷絕一切往來，頂多是秘密聯絡。」【註十五】這種騷擾性的偵監行動持續到台灣解除戒嚴為止，才完全結束；但是，時序進入一九八○年時，國民黨政權竟然反過頭來報復性加重對付黃昭堂。
黃昭堂所使用的化名黃有仁，是他早逝的哥哥名字，曾一度讓國民黨特務搞不清楚他的本名。一九七七年他在台灣只有一位胞姊住台北市，同樣遭到警察局嚴密監控；他繼承的台南縣地產是委由堂弟管理，國民黨政權直到一九八○年才查知，中央下令台南縣政府幾經翻查及召開數次高層會議後，一九八二年八月由調查局通知警備總部：「黃逆昭堂從事叛亂活動，事證明確，敬請依法斟酌凍結或沒收其財產。」【註十六】
調查局所列舉的「叛亂活動」，居然沒有黃昭堂跟王育德組織《台青社》，及以後擔任委員長領導台獨運動等等的事跡，反而是楊金海、陳菊在不同案件被捕口供中所稱，分別於一九七六年、一九七九年與黃昭堂接觸的經過。至於凍結或沒收其財產，則是針對他在台南縣七股的八萬七千一百餘坪土地（養殖地八萬六千五百二十八坪、田地一百四十五坪、建地四百三十坪，後來部分土地被台南縣政府徵收為濱海公路），理由是「防止其變賣或將資金移往國外作為助長叛亂活動經費」。
一九八七年解除戒嚴及一九九二年修改刑法一百條、修訂國安法後，被國民黨政權列入「黑名單」禁制入境的台獨人士，只剩《獨盟》世界本部副主席黃昭堂，《獨盟》美國本部主席陳南天，以及台灣在日同鄉會會長黃文雄等三人。至於「獨立台灣會」創始人史明、獨盟總本部主席張燦鍙的妹婿林振昌等二人，因屬高檢署通緝在案的通緝犯，依通緝犯方式處理，不另列入黑名單之中【註十七】。一九九二年八月「黑名單」全部取消時，黃昭堂的財產才同步獲得解凍。
日本作為海外台獨運動重鎮的地位發生變化，是從一九七○年全球性《獨盟》成立之後，原本台灣留學生以前往日本為多，受到主客觀因素影響慢慢轉而前往美國，海外台獨運動的重心也跟著轉往美國。
不過，《獨盟》日本本部的行動事實上反而更為積極活躍，跟國民黨政權的鬥爭從未退縮過，如「第十二屆世台會年會」在日本舉行，國民黨政權透過外交途徑極度阻擾，該本部基於過去的鬥爭經驗也有精彩的攻防。總之，從《台青社》、《台青會》、《台青聯》到《獨盟》日本本部，已經在海外台獨運動史上烙下了深刻的印記。
【註一】詳見拙作〈揭秘陳純真滲透台獨組織事件〉。
【註二】黃昭堂《日本的台獨運動》，發表於二○○五年六月吳三連台灣史料基金會主辦的「自覺與認同——1950~1990年海外台灣人運動研討會」。
【註三】檔案管理局，檔號：A303000000B=0037=006.3=002=1=016=0001。
【註四】劉明電，台南縣人，時年五十八歲，長年旅居日本，是研究馬克思主義的學者，後因親共，並出任中共政協委員，警備總部指控他涉叛亂案，於一九五八年警備總部逕行裁定將他在台灣的龐大家產全部沒收。
【註五】外交部外（三十九）東一字第五一三七號電文，檔案管理局檔號：A303000000B=0037=006.3=002=1=031=0001。
【註六】陳祖培，一九○九年出生，彰化縣人。根據李世傑《調查局研究》一書記述（p214），陳祖培是在一九五三年趁赴日之便，由調查局派為兼任專員，主要任務是接受指示，進行對在日本「台獨」的情報戰，後來改為專任。另據檔案管理局，檔號B3750347701=0058=1571=083=001=004=0027內容記載，陳祖培於一九六七年六月奉調查局第一處命令返台檢討台獨工作，卻被該局第三處送往看守所監禁，以他過去旅居中國時曾參加「上海台灣讀書會」（被指係中共外圍組織）為由，隔年被警備總部依參加叛亂組織罪嫌判處有期徒刑十年；而陳祖培辯解是遭調查局內鬥栽贓嫁禍。
【註七】檔案管理局，檔號：A303000000B=0050=006.3=013=1-02=057=0002。
【註八】檔案管理局，檔號：A303000000B/0052/006.3/024/1-02/098。
【註九】詳見拙作〈蔣家王朝羅織失敗的「關仔嶺事件」〉。
【註九】宋重陽《台灣獨立運動私記——三十五年之夢》，p123，前衛出版社，一九九六年三月初版第一刷。
【註十】戴天昭（高雄市人，一九六二年自費留日考試及格，進入明治大學後即加入《台青會》）、高齊榮（澎湖人，台北師範大學畢業，一九六二年自費留日考試及格，進入東京大學後即加入《台青會》，在《台青會》及《台青聯》都擔任中央委員，但於一九七三年六月受邱永漢影響，由邱秘書陪同返台投降）、方仁惠（苗栗人，一九六○年十月進入早稻田大學就讀即加入《台青會》）、王義郎（新竹縣人，曾任宜蘭地方法院推事，一九六一年三月持留學護照進入東京大學就讀，以「王夢石」化名加入《台青會》）。
【註十一】同註九。
【註十二】檔案管理局，檔號：A383130000C=0059=215=008=1=022=0003。
【註十三】檔案管理局，檔號：A383130000C=0059=215=008=1=022=0005。
【註十四】檔案管理局，檔號：A383130000C/0059/215/008/1/029。
【註十五】同註二。
【註十六】檔案管理局，檔號：AA05140000C=0071=1571=057=0001=virtual001=0008。
【註十七】一九九二年七月二十九日，自立晚報二版。