日本首相安倍晉三 4 月 16 日晚間宣布，於 4 月 7 日因應武漢肺炎疫情所宣布的緊急事態宣言，適用對象區域由原先的東京等七都府縣擴大至全國。此外，北海道、茨城縣、石川縣、岐阜縣、愛知縣、京都府等六道府縣，與前述七都府縣同樣屬於疫情嚴峻地區，列為「特定警戒區」採取重點防疫措施，嚴防疫情向外擴散。
4 月上旬，安倍政府基於國內疫情持續蔓延，經聽取專家意見並向國會報告後，宣布疫情較嚴重的七個特定地方，至 5 月 6 日止為期一個月，進入緊急狀態。然而，疫情蔓延擴散情形卻不見任何好轉跡象，疫情各地持續延燒。復以，其他未被列入適用範圍的地方首長對於中央頗有怨言。
因此，安倍 16 日晚間在首相官邸召開疫情對策本部會議後宣布，由於北海道等六道府縣，疫情擴散程度無論是在確診感染人數增加趨勢、確診人數增加所耗時間，以及無法掌握接觸史等因素，均與首波緊急事態宣言的七都府縣相同，故同列為「特定警戒地區」，且要防堵疫情擴散並防止醫療體系崩潰，有需要全國同步採取相關措施，故全國各地均為緊急事態宣言適用對象。
此外，由於緊急事態擴及全國，需要所有國民的配合，許多百貨公司、外食連鎖店等商家考慮擴大門市歇業或縮短營業時間因應，民眾減少外出、消費停滯無可避免地將進一步導致經濟萎縮，預估日本將因此蒙受超過 10 兆日圓的經濟損失。先前曾有經濟學家試算，若日本政府宣布全國進入緊急狀態，預估兩年間產生的經濟損失高達 63 兆日圓，規模達 2008 年金融海嘯的 1.5 倍。因此日本政府原先規劃對於收入將顯著短缺或情況陷入較嚴峻的家庭，每戶發放現金 30 萬日圓（約 8 萬 4,000 元新台幣）補助的措施。取而代之，擴大向所有國民一律發放 10 萬日圓的現金補助。
全國各地方政府知事可以依《新型流感對策特別措施法》所賦予權限，籲請民眾配合避免非必要或非緊急外出與跨都道府縣移動、籲請相關設施配合限制使用、籲請民眾避免前往鬧區或有服務人員接待的餐飲店等處所，並籲請與民眾生活經濟不可或缺的行業，持續營業運作；前述 13 個「特定警戒區」都道府縣知事，為避免疫情擴散，可以強烈籲請企業實施在家工作及上下班分流，若有不理會相關籲請時，可進一步行政指示要求配合。當然，除為防止醫療體系崩潰所需，可以強制徵用私人土地與建物用以開設醫療設施外，違反前述籲請或行政指示者，依然是無從處罰的「軟性」緊急事態。
參考新聞：
2020/04/16 共同社 安倍首相、全国に緊急事態宣言 7都府県から拡大、5月6日まで
2020/04/16 日經 首相、緊急事態宣言 全国に対象拡大と表明
2020/04/17 NHK 「緊急事態宣言」全国拡大「特定警戒」13都道府県 新型コロナ
