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隨著台灣疫情趨緩，政府採購的疫苗也陸續到貨。今（8）日國內僅新增 4 本土病例，創疫情警戒新低。同一時間，政府採購的 10 萬劑莫德納疫苗，也於今凌晨從盧森堡起飛，預計下午 3 時許抵達桃園機場。及至目前，台灣已超過 910 萬人施打疫苗，疫苗覆蓋率達到 36.88%。

環南北農市場群聚案，在 7 月初鬧得沸沸揚揚，民眾關注在於柯文哲與中央的合作上如何控制疫情，只是，柯文哲曾說在環南市場召開記者會是被中央「設局」，今（22）日，柯文哲又批醫福會執行長王必勝在環南北農市場沒有甚麼貢獻，只是看一看、講一講，口令都是台北市政府執行，對此，指揮中心指揮官陳時中表示，柯文哲講這種話有點不夠厚道。

台灣疫情逐漸和緩，從高峰三位數到現在已是個位數，今（8）日，指揮中心宣布三級警戒延長但適度鬆綁，有記者問到，三級警戒現今微解封下，是否還能室內打麻將？指揮中心指揮官陳時中笑著回應，可能麻將桌要1.5公尺維持社交距離，隔邊用隔板、帶口罩、不得賭博，不過陳時中仍強調「相關的規定要遵守」。

7 月 2 日因應環南市場群聚案，中央與北市在環南市場前召開記者會，表示共同成立前進指揮所，然而，昨（7）日，台北市長柯文哲上資深媒體人趙少康節目表示，自己那天是被中央「設局」，聯合前進指揮所指揮官王必勝、指揮中心發言人莊人祥都予以駁斥，今（8）日，在行政院會後記者會上，記者問到柯文哲的「設局說」，衛福部次長薛瑞言表示，此話恐損柯市長高智商的形象。

台北市好心肝診所爆出私打疫苗，違反指揮中心疫苗接種對象順序，遭外界質疑「特權」優先施打，今（10）日台北市長柯文哲今早召開記者會拿出 4 月 21 日的公文表示，中央有表示地方可以分配疫苗給轄區相關醫療場所，指揮中心今下午記者會回應表示，重點是施打類別。

5 月 31 日衛生福利部立雙和醫院，發生三位醫護人員遭到一名武漢肺炎確診者砍傷事件，引起社會大眾關心，已有人在「公共政策網路參與平臺」發起「實施醫療暴力者應於健保系統註記，情節嚴重者應有對應之健保權利剝奪」，很快地超過萬人連署。今（3）日，在指揮中心下午的記者會上，指揮中心指揮官陳時中對此回應表示，健保卡的註記它有一定的功能，是不是適合來做太多的其他用途，恐怕監察院也會有意見。

武漢肺炎本土病例大爆發至今，進口疫苗成為台灣不論朝野、民眾都在關心的課題，因近日增加死亡病例，引發民眾的恐慌，也導致有人對指揮中心疫苗政策不滿，今（1）日，名嘴朱學恆送四個花籃，批評政府坐視人民死去，行政院長蘇貞昌知道此事認為非常不洽當，而指揮中心陳時中對此也表示，這時期做正規的事情就好。